Atılım Academic Archive
Atılım Academic Archive; It is a digital open archive created for the Atılım University research ecosystem, which includes peer-reviewed articles, technical reports, study reports, master's / doctoral theses and more.
Google Analytics Visitor Traffic
Most Viewed Publications
Most Downloaded Publications
Arşivlerde Yapay Zekâ Uygulamaları: GEODI-Atılım Üniversitesi Kadriye Zaim Kütüphanesi Ankara Dijital Kent Arşivi Örneği
Book Part
17674
Recent Submitted Publications
An Approach for Neighborhood Form Generation for Post-Disaster and Post-Conflict Temporary Housing Settlements
(Springer Nature, 2025) Akdede, Nil; Özer, Bekir; Dino, İpek Gürsel
Temporary housing settlements are one of the most significant post-crisis
responses following detrimental disasters and forced displacement. However, the urgency to provide immediate shelter often results in the use of conventional methods that overlook fundamental spatial design considerations. Recognizing the need for a new approach to settlement generation, this study introduces a novel method ology for neighborhood form generation in post-disaster and post-conflict tempo rary housing settlements during the preparedness period of disaster management. In this study, a three-step methodology is adopted. First, design codes for post disaster and post-conflict temporary housing settlements are thoroughly investigated through a comprehensive literature review. Then, the layout elements and basic spatial assumptions guiding the neighborhood form generation are identified. Finally, the requirements and constraints for neighborhood form generation in post-disaster and post-conflict temporary housing settlements are formulated, incorporating spatial design considerations. In contrast to the prevailing focus on housing design in various projects and approaches, the proposed approach, emphasizing spatial design considerations, holds promise for affected communities by enabling livable neigh borhoods and for humanitarian workers involved in the provision and design of PDPC settlements. This offers a new approach to enhance shelter response efforts.
İNTESTİNAL NEMATODLAR
(NOBEL TIP KİTABEVLERİ, 2025) Usluca, Selma; Demirel, Filiz
İntestinal nematodların tümünde (Ascaris lumbricoides, Tric huris trichura, Enterobius vermicularis, Strongyloides stercoralis ve kancalı kurtlar) kesin konak insandır ve ara konağa ihtiyaç duymadan yaşam döngülerini tamamlarlar (1). Enfeksiyon yumurtalarla kontamine su ve gıdaların ağız yoluyla alınması (A. lumbricoides ve T. trichiura) ve dışkıyla kirlenmiş toprak la temas sonucu enfektif larvaların deriden nüfuz etmesi yo luyla (kancalı kurtlar ve Strongyloides stercoralis) bulaşır (2). Toprakla bulaşan helmintler olarak gruplandırılan A. lumb ricoides, T. trichiura ve kancalı kurt (Ancylostoma duodenale ve Necator americanus) enfeksiyonları ihmal edilen 13 önemli tropikal hastalık arasında en yaygın olanlarıdır (3, 4). Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ) bu hastalıkların endemik olduğu ülkelerde özellikle risk altındaki gruplar olarak kabul edilen üreme çağındaki kadınlar (gebeliğin ilk üç ayı hariç), okul öncesi ve okul çağındaki çocukların yanı sıra, diğer risk altındaki grupları da hedef alan toplu antihelmintik ilaç uygu laması yoluyla enfeksiyon yoğunluğunu ve yaygınlığını azal tarak morbiditeyi kontrol altına almayı amaçlamaktadır (5-7). Bu hastalıklar sıklıkla düşük ve orta gelirli ülkelerde yaygın olmasına rağmen, yüksek gelirli ülkelerde de hassas nüfuslar da görülebilmektedir (5, 8). Yetersiz besin alımı, paraziter has talıklara duyarlılığı artırabilmektedir. Düşük sosyo-ekonomik durum, düşük eğitim düzeyleri, kötü sağlık koşulları, yeterli temiz suya erişimin olmaması, yetersiz sanitasyon ve hijyen koşulları, su kaynaklarına yakın mesafede yaşamak ve mesle ki durumun (çi çilik ve balıkçılık) bu enfeksiyonlar açısından risk oluşturduğu bilinmektedir (3, 5). Gelişmekte olan ülkele rin çoğunda fizyolojik, zihinsel ve fiziksel gelişimin kritik dö nemi olan beş ila 15 yaş arasındaki okul çağı çocukları kronik helmint enfeksiyonu açısından en yüksek risk altındadır (9). Gebelikte humoral bağışıklık korunurken, hücresel bağışıklıkta zayıflama görülmekte, gestasyonel immünolojik değişiklikler nedeniyle paraziter enfeksiyonlara duyarlılık artmaktadır. Parazitler besin maddeleri için konakla rekabete girerek veya besinlerin emilimini engelleyerek besin maddelerinin eksikliğine yol açabilmektedir. Bu durum annenin nispeten daha düşük bir parazit yükünden daha fazla etkilenmesine neden olmaktadır. Bağırsak parazitleri beslenme durumunu farklı mekanizmalarla da etkileyebilmektedir. Bu enfeksiyonlar iş tahı ve dolayısıyla yiyecek alımını azaltmakta, besin emilimini engelleyen bağırsak iltihabına, bağırsak mukozasına zarar vererek malabsorbsiyona ve ishale neden olmaktadır. Kancalı kurtlar ayrıca bağırsakta kan kaybına yol açar (10). Bu enfeksiyonlar okul çağındaki çocuklarda büyüme geriliği, entelektüel ve bilişsel fonksiyonlarda bozukluğa neden olabilir (3, 6, 9, 11, 12). A. lumbricoides ve T. trichiura enfeksiyonları özellikle okul çağındaki çocuklarda en yüksek oranda saptanırken, kancalı kurt enfeksiyonları ergenlik ve genç erişkinlik döneminde daha fazla görülür (12).
HELMİNTLER: SINIFLANDIRMA VE GENEL ÖZELLİKLERİ
(NOBEL TIP KİTABEVLERİ, 2025) Usluca, Selma
Parazitler tarih öncesi çağlardan beri insan yaşamında var olmuşlardır. Evrimin yanı sıra, göçler ve ulaşım araçlarının gelişmesi bulaşıcı hastalıkların topluluklar arasında yayılmasına neden olmuştur. Tarihi araştırmalar çok eski çağlardan beri insanların helmint enfeksiyonlarıyla karşılaştığını belgelemektedir. Geçmiş çağlardaki parazitleri ve davranışlarını incelemeyi amaçlayan paleoparazitoloji alanı da bu şekilde doğmuştur (1). Bugüne kadar fosiller üzerinde yapılan çalışmalar, birçok parazit-konak ilişkisinin milyonlarca yıl boyunca devam ettiğini, parazit yaşam döngüleri ve morfolojilerinin değişmeden kaldığını göstermektedir. Mumyalama işleminin helmintlerin de bozulmadan kalmasını sağladığı görülmüştür (2). MÖ üç bin ila 400 yıllarına ait Mısır yazılarında parazit bulaştığına dair bilgiler mevcuttur. Yunan, Çin ve Hint uygarlıklarında parazitlerin neden olduğu hastalıklara ait belgelere rastlanmıştır.
Orta Çağ’da parazit helmintler ve bunların hastalıklarla ilişki sine dair bazı gözlemler olduğu ortaya çıkmıştır. Helmintoloji terimi 1668’de William Ramsay tarafından önerilmiş ve ayrı bir disiplin olarak kabul edilmiştir. İbn-i Sina’nın kitabında insanlarda hastalığa neden olan “büyük ve uzun solucanlar”, “şerit gibi solucanlar”, “cüce solucanlar” ve benzeri hastalıkların tedavisi hakkında bilgi verilmekte dir (1). Helmintolojinin babası olarak kabul edilen Rudolphi (1771-1832), Linne’nin zoolojide kullandığı sınıflandırmayı parazitolojide kullanarak helmintleri Nematoda, Nematoidea, Cestoda, Acantocephala ve Cystica olarak gruplandırmıştır. “Enterozoorum Sive Vermium Intestinalium Historia Natura lis” adlı kitabında (1819) bin yüz kadar helminti tanımlamıştır. Bundan 50 yıl sonra Cystica sınıfının sestod larvaları olduğu anlaşılmış ve sınıflandırmadan çıkarılmıştır (3). On dokuzuncu yüzyılda parazitlerin bulaşma süreçlerini ve tedavilerini anlamak için önemli çalışmalar yapılmaya başlanmıştır. Fransız bilim adamı Kasimir Joseph Daveyn, 1862 yılında parazit yumurtası yutarak parazitlerin bu yolla bulaştığını göstermeyi başarmıştır. Friedrich Zenker ise 1860 yılında Trichinella türlerinin domuz etinin yenilmesiyle insanlara bulaşabileceğini göstermiştir. Bu yüzyılın sonunda Alman parazitolog Arthur Looss kazara kendine Ancylostoma doudenale’yi bulaştırmış, bu durum parazitin deri yoluyla bulaştığının anlaşılmasını sağlamıştır. Japon çocuk doktoru Shimesu Koino 1922’de insan vücudundaki parazit larvalarının yaşam döngüsü ve göçünü belirlemeyi başarmış ve otoenfeksiyondan bahsetmiştir. Yirminci yüzyılın ilk yıllarında insanı enfekte eden 28 tür parazit tespit edilmiş, günümüzde ise bu sayı 300 civarına ulaşmıştır. Helmintoloji günümüzde konak-parazit ilişkisi ve ilaç geliştir meyle ilgili araştırmaların hızla arttığı tıbbi araştırma alanlarından biridir.
Human Microbiota: Molecular Foundations, Systemic Interactions, and Clinical Perspectives
(Ortadoğu Reklam Tanıtım Yayıncılık Turizm Eğitim İnşaat Sanayi ve Ticaret A.Ş., 2026) Aral, Murat; Usluca, Selma; Bakır, Ayfer
Dear Readers,
Over the past two decades, the rapid progress achieved in the field of the human microbiota has led to the emergence of a new biological framework that extends beyond the classical “commensal–pathogen” dichotomy. It is now supported by strong molecular and clinical evidence that microbial communities residing in different anatomical sites, particularly the gut, play a decisive role in immune system development, metabolic balance, neurodevelopment, and disease progression. Thanks to highthroughput sequencing technologies, multiomics approaches, and advanced bioinformatic analyses, the composition and functional potential of the microbiota can be characterized in detail, opening new windows for understanding the delicate balance between health and disease.
Nevertheless, a significant gap still remains between the rapidly expanding body of knowledge in microbiota science and its translation into clinical practice. Although numerous studies have identified strong associations between microbial alterations and various diseases, interpreting these relationships within a causal framework and integrating them reliably into clinical decisionmaking processes involve substantial methodological and biological challenges. Differences in sampling strategies, diversity of analytical platforms, interpopulation heterogeneity, and the lack of standardized reference ranges are among the main factors limiting the generalizability of current findings. Therefore, the translation of microbiotarelated knowledge into clinical practice requires not only technical accuracy but also conceptual caution.
This book aims to address the human microbiota not merely as a descriptive ecosystem, but as a dynamic biological system that changes throughout life and remains in continuous interaction with environmental and clinical factors. The physiological foundations of microbiota development from infancy to old age, the conceptual boundaries of dysbiosis, associations with different disease groups, and the current level of evidence regarding microbiotabased interventions are presented through a holistic approach grounded in the contemporary literature. In particular, attention is drawn to issues frequently encountered in clinical translation, such as overgeneralization, methodological uncertainty, and limitations in evidence level, with the aim of providing readers with a critical framework for evaluation.
The fundamental approach of this book is not to present the microbiota as the “key to every disease,” but to evaluate it in a manner that remains faithful to biological reality and the limits of existing evidence. Clearly defining diagnostic and therapeutic methods, explicitly stating what the applied technologies can and cannot measure, and shaping clinical expectations in alignment with scientific data constitute the core of this approach. Within this framework, the book aims to serve as a robust, balanced, and uptodate reference source for both researchers and clinicians in the field of microbiota science.
The future of microbiota research will be shaped by interdisciplinary collaboration, standardized methodologies, and studies focusing on clinically meaningful outcome measures. This book seeks not only to compile existing knowledge, but also to contribute to this process by encouraging critical thinking and promoting progress guided by scientific prudence.
During the preparation of this book, the scientific guidance and critical evaluations provided by the section editors played a decisive role in shaping its academic framework. The meticulous contributions of the associate editors regarding content coherence, terminological consistency, and adherence to publication standards strengthened the integrity and readability of the work. The dedicated efforts of the contributing authors, who combined current literature with a clinical perspective, formed the fundamental scientific basis of this volume.
We would also like to extend our sincere thanks to Türkiye Klinikleri Publishing House, whose constructive approach and experience in academic publishing supported the process at every stage. The coordination and editorial support provided by the publishing team made a significant contribution to maintaining the scientific quality of the book.
Sincerely,
PERİPROSTETİK EKLEM ENFEKSİYONU TANIMLAMALARI
(UBAK Publishing House, 2025) Usluca, Selma; Aral, Murat
Periprostetik eklem enfeksiyonlarının (PEE) tanımlanması, multidisipliner bir yaklaşımın merkezinde yer alır ve tanısal kesinlik için uluslararası ölçekte kabul görmüş kriterlere ihtiyaç duyar. Ancak, ‘altın standart’ kabul edilebilecek evrensel bir tanımın bulunmaması, PEE’nin klinik, laboratuvar ve mikrobiyolojik tanısında farklı yaklaşımlara yol açmaktadır. MSIS, ICM, IDSA ve EBJIS gibi kurumlar tarafından oluşturulan tanım sistemleri, farklı duyarlılık ve özgüllük profilleriyle enfekte vaka oranlarını önemli ölçüde değiştirmektedir. Bu tanımlar arasındaki farklılıklar yalnızca enfeksiyonun teşhis oranlarını değil, aynı zamanda tedavi stratejilerinin belirlenmesini ve klinik sonuçların yorumlanmasını da etkilemektedir. Özellikle EBJIS tanımının düşük dereceli ve kültür negatif enfeksiyonları daha etkin şekilde yakalayabildiği gösterilmiştir. Bununla birlikte, her tanımın temel hedefi, yanlış negatifleri azaltmak ve PEE tanısında standardizasyonu güçlendirmektir. Bu bölüm, söz konusu tanımlama sistemlerinin tarihsel gelişimini, klinik performans farklılıklarını ve tanı sürecine olan yansımalarını ele almaktadır.