Atılım Academic Archive
Atılım Academic Archive; It is a digital open archive created for the Atılım University research ecosystem, which includes peer-reviewed articles, technical reports, study reports, master's / doctoral theses and more.
Google Analytics Visitor Traffic
Most Viewed Publications
Most Downloaded Publications
Arşivlerde Yapay Zekâ Uygulamaları: GEODI-Atılım Üniversitesi Kadriye Zaim Kütüphanesi Ankara Dijital Kent Arşivi Örneği
Book Part
17674
Recent Submitted Publications
Human Microbiota: Molecular Foundations, Systemic Interactions, and Clinical Perspectives
(Ortadoğu Reklam Tanıtım Yayıncılık Turizm Eğitim İnşaat Sanayi ve Ticaret A.Ş., 2026) Aral, Murat; Usluca, Selma; Bakır, Ayfer
Dear Readers,
Over the past two decades, the rapid progress achieved in the field of the human microbiota has led to the emergence of a new biological framework that extends beyond the classical “commensal–pathogen” dichotomy. It is now supported by strong molecular and clinical evidence that microbial communities residing in different anatomical sites, particularly the gut, play a decisive role in immune system development, metabolic balance, neurodevelopment, and disease progression. Thanks to highthroughput sequencing technologies, multiomics approaches, and advanced bioinformatic analyses, the composition and functional potential of the microbiota can be characterized in detail, opening new windows for understanding the delicate balance between health and disease.
Nevertheless, a significant gap still remains between the rapidly expanding body of knowledge in microbiota science and its translation into clinical practice. Although numerous studies have identified strong associations between microbial alterations and various diseases, interpreting these relationships within a causal framework and integrating them reliably into clinical decisionmaking processes involve substantial methodological and biological challenges. Differences in sampling strategies, diversity of analytical platforms, interpopulation heterogeneity, and the lack of standardized reference ranges are among the main factors limiting the generalizability of current findings. Therefore, the translation of microbiotarelated knowledge into clinical practice requires not only technical accuracy but also conceptual caution.
This book aims to address the human microbiota not merely as a descriptive ecosystem, but as a dynamic biological system that changes throughout life and remains in continuous interaction with environmental and clinical factors. The physiological foundations of microbiota development from infancy to old age, the conceptual boundaries of dysbiosis, associations with different disease groups, and the current level of evidence regarding microbiotabased interventions are presented through a holistic approach grounded in the contemporary literature. In particular, attention is drawn to issues frequently encountered in clinical translation, such as overgeneralization, methodological uncertainty, and limitations in evidence level, with the aim of providing readers with a critical framework for evaluation.
The fundamental approach of this book is not to present the microbiota as the “key to every disease,” but to evaluate it in a manner that remains faithful to biological reality and the limits of existing evidence. Clearly defining diagnostic and therapeutic methods, explicitly stating what the applied technologies can and cannot measure, and shaping clinical expectations in alignment with scientific data constitute the core of this approach. Within this framework, the book aims to serve as a robust, balanced, and uptodate reference source for both researchers and clinicians in the field of microbiota science.
The future of microbiota research will be shaped by interdisciplinary collaboration, standardized methodologies, and studies focusing on clinically meaningful outcome measures. This book seeks not only to compile existing knowledge, but also to contribute to this process by encouraging critical thinking and promoting progress guided by scientific prudence.
During the preparation of this book, the scientific guidance and critical evaluations provided by the section editors played a decisive role in shaping its academic framework. The meticulous contributions of the associate editors regarding content coherence, terminological consistency, and adherence to publication standards strengthened the integrity and readability of the work. The dedicated efforts of the contributing authors, who combined current literature with a clinical perspective, formed the fundamental scientific basis of this volume.
We would also like to extend our sincere thanks to Türkiye Klinikleri Publishing House, whose constructive approach and experience in academic publishing supported the process at every stage. The coordination and editorial support provided by the publishing team made a significant contribution to maintaining the scientific quality of the book.
Sincerely,
PERİPROSTETİK EKLEM ENFEKSİYONU TANIMLAMALARI
(UBAK Publishing House, 2025) Usluca, Selma; Aral, Murat
Periprostetik eklem enfeksiyonlarının (PEE) tanımlanması, multidisipliner bir yaklaşımın merkezinde yer alır ve tanısal kesinlik için uluslararası ölçekte kabul görmüş kriterlere ihtiyaç duyar. Ancak, ‘altın standart’ kabul edilebilecek evrensel bir tanımın bulunmaması, PEE’nin klinik, laboratuvar ve mikrobiyolojik tanısında farklı yaklaşımlara yol açmaktadır. MSIS, ICM, IDSA ve EBJIS gibi kurumlar tarafından oluşturulan tanım sistemleri, farklı duyarlılık ve özgüllük profilleriyle enfekte vaka oranlarını önemli ölçüde değiştirmektedir. Bu tanımlar arasındaki farklılıklar yalnızca enfeksiyonun teşhis oranlarını değil, aynı zamanda tedavi stratejilerinin belirlenmesini ve klinik sonuçların yorumlanmasını da etkilemektedir. Özellikle EBJIS tanımının düşük dereceli ve kültür negatif enfeksiyonları daha etkin şekilde yakalayabildiği gösterilmiştir. Bununla birlikte, her tanımın temel hedefi, yanlış negatifleri azaltmak ve PEE tanısında standardizasyonu güçlendirmektir. Bu bölüm, söz konusu tanımlama sistemlerinin tarihsel gelişimini, klinik performans farklılıklarını ve tanı sürecine olan yansımalarını ele almaktadır.
PARAZİTER ÜVEİTLER
(UBAK Publishing House, 2025) Usluca, Selma
Paraziter üveitler; Toxoplasma gondii, Toxocara canis/cati, Taenia solium’un larval formu (Cysticercus cellulosae), Echinococcus granulosus ve filarial Onchocerca volvulus gibi etkenlerin göz dokularını tutmasıyla gelişir ve dünyanın birçok bölgesinde önlenebilir görme kaybının önemli nedenleri arasında yer alır (Kalogeropoulos et al., 2021; Ahn et al., 2014; Pujari et al., 2021; Guo et al., 2017; Brattig et al., 2020). Toksoplazmoz, özellikle Latin Amerika’da posterior üveitin başlıca sebebi olup erişkinlerde ve çocuklarda benzer şekilde ciddi görme kaybına neden olabilir (De Angelis et al., 2021; Arruda et al., 2021). Toksokariyaz olguları çoğunlukla çocuklarda tek taraflı granülomatöz arka üveit/panüveit ile seyrederken, sistiserkozis ve nadiren ekinokokkozis intraoküler kistler, belirgin vitritis ve subretinal yerleşimle ağır görme kaybına yol açabilir (Ahn et al., 2014; Wender et al., 2011; Bhende & Bhende, 2019; Guo et al., 2017). Onkoserkiyazis ise Sahra Altı Afrika başta olmak üzere endemik bölgelerde kornea hastalığı ve üveit tablosuyla enfeksiyöz körlüğün küresel yüküne katkı verir (Enk, 2006; Brattig et al., 2020).Bu etkenlerde patogenez, parazitin doğrudan doku invazyonu ile konak immün yanıtının tetiklediği inflamasyonu ile birlikte şekillenir. Toksoplazmozda kan-göz bariyeri bozulur, IFN γ/IL-1β gibi sitokinler parazit kontrolünde rol oynarken, aşırı yanıt retina üzerinde sekel bırakabilir (Chen et al., 2024; Pleyer et al., 2019). Toksokariyazda göz içi granülom ve traksiyonel komplikasyonlar gelişebilir (Ahn et al., 2014). Sistiserkoziste canlı kist düşük, dejeneran kist ise belirgin granülomatöz reaksiyon oluşturur; ekinokokkoziste kist rüptürü şiddetli inflamatuvar yanıta neden olabilir (Dhiman et al., 2017; Sweed et al., 2023). Tanıda klinik tipik bulgular temel olmakla birlikte seroloji, aköz/vitreus PCR, Goldmann-Witmer katsayısı ve çok modlu görüntüleme, ayırıcı tanı ve atipik sunumlarda kritik önemdedir (Sève et al., 2017; Ammar et al., 2020; Kalogeropoulos et al., 2021; Sanchez-Ovejero et al., 2020).
Malaria and Molecular Diagnosis
(NOBEL TIP KİTABEVLERİ, 2024) Usluca, Selma
Malaria is named after the Italian term “mal’aria”, which means
“bad air” to represent the association of the disease with mar shy areas (Fikadu and Ashenafi, 2023; Tuteja, 2007). Towards
the end of the 19th century, Charles Louis Alphonse Laveran, a
French army surgeon, noticed parasites in the blood of a patient
suffering from malaria, and Ronald Ross, a British medical offi cer in Hyderabad, India, discovered that mosquitoes transmitted
malaria. The Italian professor Giovanni Battista Grassi subsequ ently showed that human malaria could only be transmitted by
Anopheles mosquitoes (Tuteja, 2007).
Yüksek Sıcaklıkta Elektrokimyasal Hidrojen Ayrımı için Yüksek Verimli Katalizörün Hazırlanması ve Performansının Incelenmesi
(2024) Bal, İlay Bilge; Devrim, Yılser
Mevcut durumda küresel hidrojen (H2) üretimi büyük ölçüde fosil kaynaklara dayanmaktadır. H2 üretiminde en yaygın kullanılan yöntem buhar-metan reformasyonudur. Fakat bu yöntemle üretilen H2, karbon monoksit (CO) ve karbon dioksit (CO2) gibi safsızlıklar içermektedir. H2'nin endüstride hammadde olarak veya yakıt hücresi sistemlerinde enerji taşıyıcısı olarak kullanılabilmesi için belirli bir saflıkta olması gerekir. Dolayısıyla, bu safsızlıkları H2'den uzaklaştırmak için bir saflaştırma adımı kaçınılmazdır. Bu noktada, elektrokimyasal hidrojen saflaştırma (ECHP) sistemleri eş zamanlı H2 saflaştırma ve sıkıştırma yapabilme, hareketli parça içermeme, düşük işletme ve enerji maliyetleri, ölçeklenebilirlik gibi avantajları ile geleneksel H2 saflaştırma yöntemlerine güçlü bir alternatiftir. Bu tez çalışması kapsamında yüksek sıcaklık elektrokimyasal H2 saflaştırma (HT-ECHP) hücresi geliştirilmiştir. ECHP hücrelerinde karşılaşılabilecek olası problemlerden biri katalizör tabakasının reformat gaz içerisinde bulunan safsızlıklar nedeniyle zehirlenmesidir. Literatürde hidrojen oksidasyon reaksiyonu için tipik olarak Pt katalizörü kullanılmaktadır. Fakat, Pt katalizörünün CO toleransı oldukça sınırlıdır ve düşük miktarda CO varlığında bile katalizör zehirlenmesi meydana gelir. Bu çalışmada, HT-ECHP performansları incelenmek üzere grafen nanoplatelet (GNP) destekli platin (Pt) ve bimetalik platin-rutenyum (PtRu) katalizörleri sentezlenmiştir. Katalizörler, hızlı ve basit bir yöntem olan mikrodalga-destekli sentez yöntemiyle hazırlanmıştır. Hazırlanan katalizörler HT-ECHP uygulaması için fosforik asit katkılı polibenzimidazol (PBI) membran ile birleştirilmiştir. Katalizörlerin yapısal ve elektrokimyasal özellikleri termogravimetrik analiz (TGA), X-ışını kırınımı (XRD), X-ışını fotoelektron spektroskopisi (XPS), geçirimli elektron mikroskopisi (TEM) ve döngüsel voltametri (CV) analizleri ile incelenmiştir. Karakterizasyon sonuçları, katalizörlerin HT-ECHP uygulaması için gerekli özellikleri sağladığını göstermektedir. Pt/GNP ve PtRu/GNP katalizörlerinin HT-ECHP performansları 140-180 ℃ sıcaklık aralığında H2, CO2 ve CO içeren reformat gazı karışımı ile incelenmiştir. Sonuçlar, katalizörlerin elektrokimyasal H2 saflaştırma performanslarının artan çalışma sıcaklığı ile arttığını göstermektedir. En yüksek H2 saflaştırma performansı PtRu/GNP katalizörü ile elde edilmiştir. Gaz kromatografisi (GC) sonuçları, PtRu/GNP katalizörü ile 160 ℃'de %99.938 yüksek H2 saflığının elde edildiğini göstermiştir. PtRu/GNP katalizörünün yüksek elektrokimyasal H2 saflaştırma performansı, GNP üzerine dekore edilmiş Pt ve Ru partikülleri arasındaki güçlü sinerjik etkileşimlere bağlanabilir. Bu sonuçlar, PtRu/GNP'nin HT-ECHP uygulaması için umut verici bir katalizör olduğunu göstermektedir.