6 results
Search Results
Now showing 1 - 6 of 6
Publication Article Hidrojen Üretimi ve Co2 Yakalanmasını Aynı Cihazda Sağlayan Bir Membran Reaktörün Matematiksel Modelinin Geliştirilmesi(2024) Atak, Yağmur NalbantSürdürülebilir bir gelecek için temel bir unsur olan hidrojen, küresel enerji ve çevresel zorluklarda önemli bir rol oynamaktadır. Hidrojen üretimi için öne çıkan yöntemlerden biri, yüksek verimlilik ve ölçeklenebilirlik sunan hidrokarbonlardan buhar metan reformasyonudur (BMR). Membran reaktörler (MR’ler), hidrojen üretimini ve ayrılmasını tek bir ünite içinde entegre ederek BMR sürecini geliştirmek için umut verici bir teknoloji olarak ortaya çıkmıştır. Bu çalışma, bir MR içerisinde hem BMR ile hidrojen üretimini hem de membrandan geçemeyen gazlardan karbondioksit yakalanmasını içeren iki farklı prosesi içermektir ve bu MR’nin 1-boyutlu matematiksel modeli oluşturulmuştur. İki önemli çalışma parametresinin (reaksiyon sıcaklığı ve reaksiyon basıncı) membran reaktör performansı üzerindeki etkileri parametrik olarak incelenmiştir. Temel simülasyon koşullarında (773 K ve 3 bar), metan dönüşümü, hidrojen geri kazanımı, karbondioksit geri kazanımı sırasıyla %32,43, %61,78 ve %15,69'a eşittir.Article İki-Boyutlu ve Üç-Boyutlu Hücre Kültür Modellerinde Güncel Gelişmeler ve Uygulamalar(2025) Kıbar, Gunes; Tevlek, AtakanHücre kültür modelleri, temel ve uygulamalı biyomedikal araştırmalarda kritik bir araç olarak kullanılmaktadır. Geleneksel 2-boyutlu (2B) hücre kültür sistemleri, basitlikleri ve kolay uygulanabilirlikleri nedeniyle uzun yıllardır tercih edilmekle birlikte, hücrelerin doğal mikroçevrelerini yeterince taklit edememesi nedeniyle bazı sınırlamalara sahiptir. Bu eksikliklerin giderilmesi amacıyla geliştirilen 3-boyutlu (3B) hücre kültür modelleri, hücre-hücre ve hücre-matriks etkileşimlerini daha iyi yansıtarak biyolojik süreçlerin daha doğru bir şekilde modellenmesine olanak sağlamaktadır. Özellikle mikroakışkan tabanlı sistemler, organoidler ve biyomalzemelerle zenginleştirilmiş 3B platformlar, kanser araştırmalarından doku mühendisliğine kadar geniş bir yelpazede yenilikçi uygulamalara kapı aralamıştır. Bu derleme, 2B ve 3B hücre kültür modellerinin tarihsel gelişimini, avantaj ve dezavantajlarını, güncel uygulamalarını ve biyomedikal araştırmalardaki gelecekteki potansiyellerini ele almaktadır. Ayrıca, dinamik ve manyetik hücre kültürü gibi ileri teknolojilerin 3B modeller üzerindeki etkileri tartışılarak, bu alandaki yenilikçi yaklaşımlar için bir perspektif sunulmaktadır.Review Hiperglisemi, Oksidatif Stres ve Tip 2 Diyabette Oksidatif Stres Belirteçlerinin Tanımlanması(2020) Çetiner, Özlem; Rakıcıoğlu, NeslişahOksidatif stres, hem Tip 2 diyabet oluşumu hem de diyabet komplikasyonlarının gelişiminde rol oynayabilen önemli bir aktördür.Temel olarak oksidatif stres, reaktif oksijen türevlerinin (ROS) yapımı ve bozunumu arasındaki dengenin bozulması sonucunda oluşanfizyolojik durumu tanımlamada kullanılır. Klinik çalışmalar sonucu elde edilen veriler, sistemik oksidatif stresin metabolik sendrom vekomponentleriyle yakından ilişkili olduğunu göstermektedir.Kronik hiperglisemi ve hiperlipidemi, ROS oluşumu için önemli risk faktörleridir. Hipergliseminin, ROS birikimine katkısı farklımetabolik yolaklar üzerinden gerçekleşebilmektedir. Temel olarak hiperglisemik koşullarda glikolitik yolağın aktivitesinin artması vemitokondriyal elektron taşıma sistemi üzerinde oluşan elektron basıncı, ROS oluşumuna katkı sağlar. Reaktif oksijen türevlerinin oluşumuve birikimi daha sonra glikolizde görevli kilit enzimlerden gliseraldehit 3-P dehidrogenaz (GAPDH) enzim aktivitesini baskılayarakhücreyi, glikozu alternatif yolaklarla metabolize etmeye zorlar. Glikoliz ve krebs döngüsünün etkinliği azalır; polyol yolağı, hekzozaminyolağı ve protein kinaz C (PCK) aktivitesi artar. Tüm bu alternatif metabolik yolaklar hücrede ROS oluşumunu daha da artırır. ROSbirikimi, insülinin gen ekspresyonunu ve beta hücrelerden insülin salınımını posttranslasyonel faktörler aracılığıyla azaltarak, insülindirenci patogenezine katkı sağlayabilir. Hiperglisemi kaynaklı ROS birikimi, diyabet komplikasyonlarının oluşumunda da önemlirole sahiptir. Klinik çalışmaların sonuçları, diyabet ve komplikasyonlarının, hücrenin protein, lipit ve nükleik asit komponentlerindeyarattığı oksidatif hasarı belirlemede pek çok belirtecin kullanılabileceğini ve bu belirteçlerin oksidan harabiyetin düzeyi hakkında fikirverebileceğini göstermektedir.Research Project En Iyi Tasarım Yöntemi Kullanarak Nöron Modellemesine Yönelik Algoritma Geliştirilmesi(2021) Doruk, Reşat ÖzgürBu projenin hedefi dinamik sinirsel ağ model parametrelerinin verimli bir şekilde kestiriminin yapılabilmesi için uyarlamalı/adaptif bir uyaran üretimini gerçekleştiren bir sistemi geliştirmektir. Önerilen çalışma parametre kestirimi ve en iyilemeli uyaran tasarımı yapabilmek için gerekli algoritmaları geliştirmeye yönelik olup herhangi bir canlı hayvan ya da insanlar üzerinde deney içermemektedir. İlgili parametre kestirim çalışmasının yapılabilmesi için uyaran ve yanıt veri çiftine gereksinim duyulmaktadır. Burada uyaran sürekli zamanda tanımlı ve genliği belli bir işarettir. Buna karşın alınan cevap modelin temsil ettiği gerçek sinir hücresinin çalışma prensipleri gereği genlik değeri belli olmayan ve çeşitli zaman anlarında toplanmış bir atım (spayk) dizisidir. Bu durum parametre kestiriminde türlü güçlükler çıkarabilmektedir. Hem yüksek hesaplama karmaşıklığı hem de model yapısına göre değişkesi (varyans) yüksek kestirimler karşımıza çıkabilir. Bu durum dinamik nitelikli modellerde daha da öne çıkmaktadır. Bu noktada önemli olabilecek hususların başında uyaranın profili (zamana bağlı değişimi) gelmektedir. Uyaran biçiminin belirlenmesinde en önemli husus neden olduğu yanıtın model parametreleri hakkında ne düzeyde bilgi içerdiğidir. Uyaranın profilinin en iyileme yoluyla en yoğun bilgi içeriğine sahip olmasının sağlanabileceği daha önceki çalışmalarda gösterilmiştir. Ancak bu yaklaşımların sinir hücresi modellenmesine ilişkin uygulamaları sınırlı kalmıştır. Bunlar ya statik ileri beslemeli genel sinirsel ağ denklemleri kullanılarak ya da Wilson-Cowan tipi modeller kullanılarak yapılmışlardır. Söz konusu çalışmalarda Fisher Enformasyon Matrisi'nin (Bilişim Matrisi) belli bir istatistiksel ölçütünü (A-Optimal, D-Optimal ya da F-Optimal gibi) en yüksek değere getiren ve zamanla değişken bir profil türetilmiştir. Enformasyon ya da Bilişim Matrisleri bir rastgele değişkenin bağımlı olduğu parametrelerle ilgili ne kadar bilgi içerdiğini gösteren istatistiksel ölçütler olduklarından hedeflenen amaçlarla kullanımı uygun görülmektedir. Bu projede de Fisher Enformasyon Matrisinin D-Optimal ölçütü kullanılarak Fourier Serisi formunda ki bir uyaranın kendi parametreleri hesaplanacak ve arkasından değiştirilmiş bir Wilson-Cowan modeline uygulanarak parametre kesitirimi yapılacaktır. Kestirim işleminde birleşik en yüksek olabilirlik yöntemi kullanılmaktadır. Yapılan benzetimlerde doğru olduğu bilinen parametrelerle model çözüldükten sonra elde edilen ateşleme hızı verisi kullanılarak Poisson süreci benzetimi yapılacak ve elde edilen zamanlamalar algoritmaya atım dizisi biçiminde ki yanıt verisi olarak sağlanacaktır. Verilerin istatistiksel boyutu olması nedeniyle sağlıklı bir analiz yapılabilmesi amacıyla her benzetim 20 defa tekrarlanmaktadır. Analizler farklı koşullar içinde tekrarlanmaktadır. Bunlar farklı örnekleme sayısı, uyaran derecesi (alt parça sayısı), taban frekans ve genlik değerleridir.Article Silimarin Slıt2 Proteinini Aktive Ederek ve Cxcr4 Ekspresyonunu Baskılayarak A549 Hücrelerini İnhibe Etti(2021) Kaçar, Sedat; Aykanat, Nuriye Ezgi Bektur; Bektur, EzgiAkciğer kanseri, dünya çapında hem erkeklerde hem de kadınlarda kansere bağlı önde gelen ölüm nedenlerindendir. SLIT2/ROBO1 sinyali, çeşitli kanser tiplerini inhibe ettiği bildirilen çok önemli bir yolaktır. CXCR4, kanser ilerlemesinde rol oynayan bir kemokin reseptörüdür. Silimarin, başta karaciğer hastalıkları olmak üzere akciğer kanseri de dahil çeşitli kanserlerde anti-kanserojen aktivitesi öne sürülen bir fitokimyasaldır. Ancak silimarinin akciğer kanserinde SLIT2–ROBO1–CXCR4 ekseni üzerindeki etkisini inceleyen çalışma bulunmamaktadır. Burada amacımız silimarinin A549 hücreleri üzerindeki sitotoksik ve morfolojik etkilerini araştırmak ve SLIT2-ROBO1-CXCR4 yolağındaki rolünü ortaya çıkarmaktır. İlk olarak, silimarinin doz analizi için 24, 48 ve 72 saat uzunluğunda sitotoksisite testleri yapıldı. Ardından değişen dozlarda silimarin ile morfolojik değerlendirme için hücreler H-E ile boyandı. Daha sonra SLIT2, ROBO1 ve CXCR4 proteinleri için western blot ve immünositokimya analizleri yapıldı. MTT analizine göre, A549 hücrelerine karşı silimarinin IC50 konsantrasyonları 24, 48 ve 72 saatlik uygulamaları için sırasıyla 930.1, 432.1 ve 99.8 μM olarak saptandı. H-E boyama yapılarak morfolojik olarak incelendiğinde sitoplazmik vakuoller, küçülmüş heterokromatin çekirdek ve bazofilik sitoplazmalı hücreler gözlendi. 750 μM silimarin ile SLIT2, ROBO1 ve CXCR4 proteinleri için Western blot ve immünositokimya analizleri yapıldı. 750 μM silimarin, kontrol grubuna kıyasla SLIT2 ve ROBO1 ekspresyonlarını arttırırken CXCR4'ü azalttı. Sonuç olarak silimarin, SLIT2 ve ROBO1 protein ekspresyonunu aktive ederek ve CXCR4 ekspresyonunu inhibe ederek A549 hücrelerini doza bağlı olarak inhibe etmiştir. Silimarinin akciğer kanseri üzerindeki etkileri literatürde belirtilmiştir. Ancak bu çalışma, A549 hücrelerinde SLIT2–ROBO1–CXCR4 proteinleri ile silimarin arasındaki etkileşimi inceleyen ilk çalışmadır. Çalışmamızın bundan sonraki araştırmalara yeni ufuklar açacağına inanıyoruz.
