Korkmaz Özkan, Filiz

Profile Picture
Profile URL
https://hdl.handle.net/20.500.14411/6821
Name Variants
Korkmaz Ozkan,Filiz
K.,Filiz
F.,Korkmaz Ozkan
Filiz, Korkmaz Özkan
Korkmaz Ozkan,F.
K.Ö.Filiz
Korkmaz Özkan,F.
K. O. Filiz
Korkmaz F.
F.,Korkmaz Özkan
F., Korkmaz Ozkan
Filiz, Korkmaz Ozkan
Filiz Korkmaz Özkan
F., Korkmaz Özkan
Korkmaz Ozkan, Filiz
Korkmaz Özkan, Filiz
K. Ö. Filiz
K., Filiz
Özkan, Filiz Korkmaz
Korkmaz, Filiz
Job Title
Profesör Doktor
Email Address
filiz.korkmaz@atilim.edu.tr
Main Affiliation
Physics Group
Status
Website
https
ORCID ID
0000-0003-3512-3521
Scopus Author ID
8664101000
Turkish CoHE Profile ID
Google Scholar ID
4NU4lXwAAAAJ
WoS Researcher ID
2752134

Sustainable Development Goals

5

GENDER EQUALITY
GENDER EQUALITY Logo

0

Research Products

14

LIFE BELOW WATER
LIFE BELOW WATER Logo

0

Research Products

10

REDUCED INEQUALITIES
REDUCED INEQUALITIES Logo

0

Research Products

3

GOOD HEALTH AND WELL-BEING
GOOD HEALTH AND WELL-BEING Logo

3

Research Products

2

ZERO HUNGER
ZERO HUNGER Logo

0

Research Products

9

INDUSTRY, INNOVATION AND INFRASTRUCTURE
INDUSTRY, INNOVATION AND INFRASTRUCTURE Logo

0

Research Products

16

PEACE, JUSTICE AND STRONG INSTITUTIONS
PEACE, JUSTICE AND STRONG INSTITUTIONS Logo

0

Research Products

11

SUSTAINABLE CITIES AND COMMUNITIES
SUSTAINABLE CITIES AND COMMUNITIES Logo

0

Research Products

8

DECENT WORK AND ECONOMIC GROWTH
DECENT WORK AND ECONOMIC GROWTH Logo

0

Research Products

13

CLIMATE ACTION
CLIMATE ACTION Logo

0

Research Products

4

QUALITY EDUCATION
QUALITY EDUCATION Logo

0

Research Products

6

CLEAN WATER AND SANITATION
CLEAN WATER AND SANITATION Logo

3

Research Products

1

NO POVERTY
NO POVERTY Logo

0

Research Products

15

LIFE ON LAND
LIFE ON LAND Logo

2

Research Products

17

PARTNERSHIPS FOR THE GOALS
PARTNERSHIPS FOR THE GOALS Logo

0

Research Products

7

AFFORDABLE AND CLEAN ENERGY
AFFORDABLE AND CLEAN ENERGY Logo

0

Research Products

12

RESPONSIBLE CONSUMPTION AND PRODUCTION
RESPONSIBLE CONSUMPTION AND PRODUCTION Logo

0

Research Products
Documents

24

Citations

665

h-index

9

Go to Scopus profile
Documents

0

Citations

0

Go to WoS profile
Scholarly Output

27

Articles

22

Views / Downloads

6/0

Supervised MSc Theses

4

Supervised PhD Theses

0

WoS Citation Count

600

Scopus Citation Count

619

WoS h-index

9

Scopus h-index

8

Patents

0

Projects

0

WoS Citations per Publication

22.22

Scopus Citations per Publication

22.93

Open Access Source

9

Supervised Theses

4

Google Analytics Visitor Traffic

JournalCount
Scientific Reports4
Spectrochimica Acta Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy2
Physica B: Condensed Matter2
Archives of Biochemistry and Biophysics2
Journal of Biomolecular Structure and Dynamics1
Current Page: 1 / 4

Scopus Quartile Distribution

Competency Cloud

GCRIS Competency Cloud

Filters

2012 - 201913
Reset filters

Settings

End date: 2019Start date: 2010

Scholarly Output Search Results

Now showing 1 - 10 of 13
  • Thumbnail Image
    Article
    Citation - WoS: 15
    Citation - Scopus: 13
    K+-induced Conformational Changes in the Trimeric Betaine Transporter Betp Monitored by Atr-Ftir Spectroscopy
    (Elsevier Science Bv, 2013) Korkmaz, Filiz; Ressl, Susanne; Ziegler, Christine; Maentele, Werner
    The trimeric Na+-coupled betaine symporter BetP from Corynebactrium glutamicum adjusts transport activity according to the external osmolality. BetP senses the increasing internal K+ concentration, which is an immediate consequence of osmotic upshift in C. glutamicum. It is assumed that BetP specifically binds potassium to yet unidentified binding sites, thereby inducing conformational changes resulting in activation. Atomic structures of BetP were obtained in the absence of potassium allowing only a speculative glimpse on a putative mechanism of K+-induced transport activation. The structural data suggest that activation in BetP is crucially linked to its trimeric state involving an interaction network between several arginines and glutamates and aspartates. Here, we describe the effect of K+-induced activation on the specific ionic interaction sites in terminal domains and loops and on the protomer-protomer interactions within the trimer studied by ATR-FTIR spectroscopy. We suggest that arginine and aspartate and/or glutamate residues at the trimeric interface rearrange upon K+-induced activation, although they remain assembled in an interaction network. Our data propose a two-step mechanism comprising first a change in solvent exposure of charged residues and second a modification of their interaction sites in a partner-switching manner. FTIR reveals a higher alpha-helical content than expected from the X-ray structures that we attribute to the structurally unresolved N-terminal domain modulating regulation. In situ H-1/H-2 exchange studies point toward an altered exposure of backbone regions to buffer solution upon activation, most likely due to conformational changes in both terminal domains, which further affects ionic interactions within the trimer. (C) 2013 Elsevier B.V. All rights reserved.
  • Thumbnail Image
    Article
    Citation - WoS: 9
    Citation - Scopus: 9
    Ir-Spectroscopic Characterization of an Elongated Ompg Mutant
    (Elsevier Science inc, 2015) Korkmaz, Filiz; van Pee, Katharina; Yildiz, Oezkan
    OmpG is a nonselective, pH dependent outer membrane protein from Escherichia coli. It consists of 281 residues, forming a 14-stranded beta-sheet structure. In this study, OmpG is extended by 38 amino acids to produce a 16-stranded beta-barrel (OmpG-16S). The resulting protein is investigated by IR-spectroscopy. The secondary structure, pH-dependent opening/closing mechanism, buffer accessibility and thermal stability of OmpG-16S are compared to OmpG-WT. The results show that OmpG-16S is responsive to pH change as indicated by the Amide I band shift upon a switch from acidic to neutral pH. This spectral shift is consistent with that observed in OmpG-WT, which confirms the existence of structural differences consistent with the presence of the open or closed state. Secondary structure analysis after curve-fitting of Amide I band revealed that the additional residues do not fold into beta-sheet; rather they are in the form of turns and unordered structure. In thermal stability experiments, OmpG-16S is found to be as stable as OmpG-WT. Additionally, H/D exchange experiments showed no difference in the exchange rate of OmpG-16S between the acidic and alkaline pH, suggesting that the loop L6 is no longer sufficient to block the pore entrance at acidic pH. (C) 2015 Elsevier Inc. All rights reserved.
  • Thumbnail Image
    Master Thesis
    N-(piridin-2-il) metilen benznamine içeren platin(II) kompleksinin sentezi, karakterizasyonu ve spektroskopik yöntemlerle DNA, HSA ve BSA'ya bağlanma davranımları
    (2017) Abdalla, Rema A İbrahim; Yaman, Şeniz Özalp; Özkan, Filiz Korkmaz
    Cisplatinin (Pt(NH3)2Cl2) yapısal analogları DNA ile benzer şekilde etkileştiği için, yeni platin temelli antitümör ilaçlarının, cisplatinden daha aktif olması ve çeşitli nedenlerle oluşabilecek ilaç direncini yenebilmesi beklenilmektedir. Bu amaçla, N-(piridin-2-il)metilen benzamin (L) ligandı içeren PtCl2 kompleksi sentezlenmiş ve karakterizasyonu tamamlanmıştır. Pt(L)Cl2 bileşiğinin buzağı DNA'sı ve serum albumin (BSA ve HSA) ile etkileşimleri test edilmiştir. Pt(L)Cl2 kompleksinin DNA'ya bağlanma mekanizmasını belirleyebilmek için çeşitli spektroskopik yöntemler kullanılmıştır. Platin kompleksi varlığında DNA çözeltisi ile gerçekleştirilen elektronik soğurma spektrumu, termal davranım, viskosite ölçümleri ve florometrik titrasyon deneyleri Pt(L)Cl2'nin DNA ile elektrostatik etkileşim yaptığını kanıtlamıştır. Aynı şekilde, spektroskopik ve viskometrik bulgular Pt(L)Cl2'nin serum proteinleri ile elektrostatik olarak etkileştiğini göstermiştir. Etkileşimin her iki protein için de hidrofobik bölgede olduğu, triptofan etrafında hidrofilite artışı ve alfa heliksler etrafında hidrofilite artışı ile ortaya konulmuştur. Öte yandan sürdürülen detaylı FTIR ölçümlerinden Pt(L)Cl2'nin BSA ya da HSA ile etkileşim noktası husunda net bir bilgi edinilememiştir.
  • Thumbnail Image
    Article
    Citation - Scopus: 1
    Infrared and Raman Scattering Spectra of Layered Structured Ga3inse4< Crystals
    (Elsevier Science Bv, 2013) Isik, M.; Gasanly, N. M.; Korkmaz, F.
    The infrared reflectivity and transmittance and Raman scattering in Ga3InSe4 layered crystals were investigated in the frequency ranges of 100-400, 400-4000 and 25-500 cm(-1). The refractive and absorption indices, the frequencies of transverse and longitudinal optical modes, high- and low-frequency dielectric constants were obtained from the analysis of the IR reflectivity spectra. The bands observed in IR transmittance spectra were interpreted in terms of two-phonon absorption processes. (C) 2012 Elsevier B.V. All rights reserved.
  • Thumbnail Image
    Article
    İlaç Araştırmalarında Yeni Nesil Uygulamalar: Kontrollü İlaç Salımı
    (Bilim ve Teknoloji, 2012) İşgör, Belgin S.; Korkmaz Özkan, Filiz
    16.yüzyılda yaşamış olan ve bugünkü Modern tıbbın kurucularından sayılan Paracelsus’un “Her şey zehirdir. Zehirle ilacı ayıran dozudur” sözü, bugünkü modern toksikolojinin temeli olan doz-cevap ilişkisine dikkat çekmesi açısından son derece önemlidir. Günümüzde ilaç olarak sunulan sentetik ve doğal kaynaklı kimyasal bileşiklerin vücuda alımı genel olarak ağızdan (oral) katı veya sıvı formlarda, damar ve kas içerisine sıvı enjeksiyonuyla, nazal yol aracılığıyla sprey veya toz formunda inhalatör yardımıyla, veya deriden lokal uygulamalarla gerçekleşmektedir. Vücuda verilen ilaç ilk olarak dolaşım sistemine alınır ve tedavi için hedeflenen dokuya kan damarları ile taşınır. Hedef dokulara ise bu dokulara nüfuz etmiş kılcal damarlar yoluyla ulaşır. İlacın vücuda alımından hedef dokuya taşınması sürecinde, damar yolu üzerinde bulunan tüm dokularca alınıp hücresel mekanizmalarca işlenmesi mümkündür.
  • Thumbnail Image
    Article
    Citation - WoS: 357
    Citation - Scopus: 374
    A New Artificial Urine Protocol To Better Imitate Human Urine
    (Nature Portfolio, 2019) Sarigul, Neslihan; Korkmaz, Filiz; Kurultak, Ilhan
    Artificial urine has many advantages over human urine for research and educational purposes. By closely mimicking healthy individuals' urine, it may also be important in discovering novel biomarkers. However, up until now, there has not been any specific protocol to prove the similarity in terms of the chemical composition at the molecular level. In this study, a new artificial urine protocol is established to mimics the urine of healthy individuals. The multi-purpose artificial urine (MP-AU) presented here is compared with two other protocols most cited in literature. Furthermore, these three protocols are also compared with samples from 28 healthy young individuals. To do so, attenuated total reflection-Fourier transform infrared spectroscopy (ATR-FTIR) is used, according to which MP-AU shows a significantly close similarity with human urine. In formulating MP-AU, the infrared spectra of nine compounds is provided, making possible the band assignment of some absorption bands to certain compounds. Given its properties, the MP-AU protocol introduced here is both economical and practical, making it useful when designing comparative-controlled experiments.
  • Thumbnail Image
    Master Thesis
    Gas(x)se(1-x) Katmanlı Karışım Kristallerinin Yapısal ve Elipsometrik Özellikleri
    (2017) Habaibi, Om-alhana; Işık, Mehmet; Özkan, Filiz Korkmaz
    GaSxSe1-x katmanlı karışım kristalleri yapısal ve optiksel karakterizasyon teknikleri kullanılarak incelendi. Bridgman metodu ile büyütülen örneklerin yapısal karakterizasyonu x-ışını kırınımı (XRD), enerji saçılım spektroskopisi (EDS) ve Fourier transform kızılötesi spektroskopisi teknikleri kullanılarak başarıldı. Karışım kristallerinin kompozisyonal bağımlılığı EDS deneyleri ile elde edildi. Ölçümlerin sonuçları, kullanılan örneklerin x değerinin 0.25 aralıklar ile 0 ile 1 arasında olduğu kompozisyona denk geldiğini gösterdi. Örneklerin kristal yapısı XRD ölçümlerinin sonuçlarını ve analiz için bir yazılım programı kullanarak açığa çıkarıldı. FTIR tayfları x=0, 0.25 ve 0.50 kompozisyonlarındaki örneklerin içerisinde çoklu fonon emiliminin var olduğunu gösterdi. XRD ve FTIR deneylerinin sonuçları kullanılan kompozisyonlar arasında ilişkilendirildi. Örneklerin optiksel karakterizasyonu 1.2-6.0 eV spektral aralıpında gerçekleştirilen elipsometri deneyleri ile tamamlandı. Ölçüm sisteminin çıkış datası optiksel parametrelerin spektraş bağımlılığını gösteren dataya çevrildi. Elipsometrik data örneklerin bant boşluğu enerjilerini elde etmek için kullanıldı. Elde edilen bant enerjisi değerleri karışım kristallerinde sülfür kompozisyonu arttıkça bant enerjisinin 2.4 eV'tan (x = 0) 2.57 eV'a (x = 1) arttığını gösterdi. Ortaya çıkarılan bant enerji değerlerine göre bant boşluğu enerjisinin kompozisyona bağlılığını gösteren bir grafik çizildi.
  • Thumbnail Image
    Editorial
    Citation - WoS: 1
    Citation - Scopus: 1
    Commentary on "spectral Characterization of the Binding and Conformational Changes of Serum Albumins Upon Interaction With an Anticancer Drug, Anastrozole"
    (Pergamon-elsevier Science Ltd, 2015) Korkmaz, Filiz
    The manuscript by R. Punith and J. Seetharamappa (http://dx.doi.org/10.1016/j.saa.201202.038) presents the interaction between serum albumin from human (HAS) and from bovine (BSA) with a drug called Anastrozole (AZ). The drug is on the market for treating patients with breast cancer after surgery and for metastasis in women. The study utilizes various spectroscopic techniques such as; fluorescence, synchronous fluorescence, 3D fluorescence measurements, FTIR, CD and UV. Although there are some relatively minor comments on the paper, the main point that needs to be reviewed by the authors is the result of FTIR measurements. Based on the data provided in the text (there is no figure), the protein sample is not in its native state, which makes the data inconvenient to be used in drawing conclusions. Authors are kindly requested to take another look at the FUR experiments. (C) 2014 Elsevier B.V. All rights reserved.
  • Thumbnail Image
    Master Thesis
    5,6-di(pyridin-2-yl)-2,3-dihydropyrazine Ligand İçeren Yeni Platin(ıı) Kompleksinin Dna ve Bsa'ya Bağlanma Bağlanma Kabiliyetinin Spektroskopik Olarak İncelenmesi
    (2017) Salem, Asma Mabrouk Mohamed; Yaman, Şeniz Özalp; Özkan, Filiz Korkmaz
    Cisplatin kemoterapi tedavisinin yan etkilerinin azaltılması için daha etkin ve daha düşük toksisite değerlerine sahip yeni platin kompleksleri tasarlayarak sentezlerini gerçekleştirmek bu alanda çalışan araştırmacıların ana amacıdır. Bu gaye ile, çalışmamızda cisplatinin yapısal bir benzeri olarak 2,3-bis(2-pyridil)-5,6-dihidropyrazin içeren yeni bir platin kompleksi (PtLCl2) modellenmiş, sentezlenmiş ve yapısal analizleri çeşitli spektroskopik yöntemler kullanılarak tamamlanmıştır. Kompleksin DNA'ya bağlanma tipini belirleyebilmek için UV tirasyon, florometrik titrasyon, termal bozunma ve vizikometri deneyleri fizyolojik artamda yaılmıştır. Termodinamik parametreler yine UV titrasyon deneylerinin farklı sıcaklıklarda yinelenmesi ile elde edilmiştir. Deneyler sonucunda, PtLCl2'nin DNA'nın boşluklarına tutunduğuya da elektrostatik bir etkileşim yaptığı bulunmuştur. PtLCl2'nin BSA ile etkileşimi DNA bağlanma deneylerinde kullanılan yöntemlerle benzer teknikler kullanılarak belirlenmiştir. Sonuçlar kompleksin BSA'ya proteinin hidrofobik bölgesinden bağlanarak hidrofilitesini artırdığını açıkça göstermiştir. Ptotein- kompleks etkileşim alanının belirlenmesi için yapılan ayrıntılı FTIR spektroskopisi analizleri de PtLCl2'nin etkisiyle proteinin hidrofilitesini arttığını doğrular sonuçlar vermiştir.
  • Thumbnail Image
    Article
    Citation - WoS: 9
    Citation - Scopus: 8
    Multiphonon Absorption Processes in Layered Structured Tlgas2, Tlins2 and Tlgase2 Single Crystals
    (Elsevier Science Bv, 2013) Isik, M.; Gasanly, N. M.; Korkmaz, F.
    The infrared transmittance and Raman scattering spectra in TlGaS2, TlInS2 and TlGaSe2 layered single crystals grown by Bridgman method were studied in the frequency ranges of 400-1500 and 10-400 cm(-1), respectively. Three, three and five bands observed at room temperature in IR transmittance spectra of TlGaS2, TlInS2 and TlGaSe2, respectively, were interpreted in terms of multiphonon absorption processes. (C) 2013 Elsevier By. All rights reserved.