47 results
Search Results
Now showing 1 - 10 of 47
Article Alzheimer hastalığında Kallikrein-6, 7 ve potasyum kanal proteinlerinin olası rolü(2021) Bulduk, Erkut; Yıldırım, Filiz; Yıldırım, ZuhalAmaç: Alzheimer hastalığının (AH) oluşum mekanizması kesin olarak bilinmemekle birlikte AH’dan sorumlu başlıca iki protein, senile plakların yapısındaki beta amiloid ve nörofibriler yumakların yapısındaki tau proteinidir. Hastalığa yol açan en önemli etmenlerden biri çözünür olmayan amiloid çökeltilerin oluşumu, diğeri ise artmış tau fosforillenmesidir. Kallikreinler, nöronal hasar ve işlev kaybı ile belirgin AH’nın etiyolojisinde rol oynayan, serin proteazların bir alt familyasıdır. Kallikrein (KLK)-6 ve KLK-7’nin merkezi sinir sisteminde (MSS) yüksek seviyelerde bulunan yaşa bağlı proteaz olduğu bilinmektedir. Daha once AH’ı gibi nörodejeneratif hastalıklarda yer alan hücre dışı proteinlerin proteolizine karıştığı gösterilmiştir. Bu çalışmada KLK-6 ve KLK-7’nin AH patogenezindeki olası rolünü ve potasyum kanal proteinleri arasındaki ilişkiyi araştırmayı amaçladık. Yöntem: Çalışmaya Polatlı Duatepe Devlet Hastanesinde takip edilen yaşları 65’in üzerinde olan 35 AH ve rutin tarama amacıyla nöroloji polikliniğine başvuran kognitif durumu normal olarak değerlendirilen 35 sağlıklı birey (control grubu) dahil edildi. 12 saat açlığı takiben antekübital venden alınan kan örnekleri 4°C’de 2500xg’de 10 dakika santrifüj edilerek, serum örneklerinde KLK-6 ve KLK-7 ile içeri doğru düzeltici potasyum kanalı (KCNJ3) ve iki gözenekli potasyum kanalı (KCNK9) protein düzeyleri enzim-bağımlı immunosorbent assay (ELISA) ile ölçüldü. Gruplar arasındaki fark T-test ile incelendi. p<0.05 istatistiksel olarak anlamlı kabul edildi. Bulgular: Gruplar arasında yaş ve cinsiyet açısından bir fark saptanmadı (p>0.05). Alzheimer grubu control grubu ile karşılaştırıldığında serum KLK-6 ve KLK-7 düzeyleri anlamlı olarak artarken (p<0.05), KCNJ3 ve KCNK9 protein düzeylerinde bir fark saptanmadı (p>0.05). Sonuç: Beyinde anormal protein katlanmasının ve birikmesinin önüne geçilememesinin AH’ye yol açtığı düşünülmektedir. Bu araştırmanın bulgularına göre KLK- 6 ve KLK-7 düzeyleri ile AH’nın patolojisi arasında bir ilişki saptandı.Article Kurumsal açık arşivlerin etkin kullanımı: Türkiye'deki bilimsel elektronik yayıncıların görüşleri(2010) Ertürk, Korhan Levent; Küçük, M. Emin1990’lı yıllardan itibaren açık erişim ile ilgili uluslararası düzeyde çalışma ve etkinlikler yapılmış, elektronik yayıncılık modelleri gözden geçirilmiş, üniversite ve bilimsel araştırma kurumlarında kurumsal açık arşivler yapılandırılmıştır. Bilimsel iletişimin en önemli paydaşları olan bilim insanları, bilimsel çalışmalarını Web sayfalarında ve/veya kurumsal açık arşivlerde depolamaya ya da açık erişimli dergilerde yayınlamaya başlamışlardır. Bu çalışma Türkiye’deki bilimsel iletişimin paydaşlarından olan bilimsel elektronik yayıncıların açık erişim farkındalığını belirlemek, kurumsal açık arşivlerin etkin kullanımı konusunda yayıncıların görüşlerini ortaya çıkarmak amacıyla yapılmıştır. Veriler, 101 yayıncıdan anket yoluyla elde edilmiştir. Bulgulara göre yayıncıların büyük bir bölümü (%72) açık erişim farkındalığını edinmiş görünmektedir. Yayıncılar, büyük çoğunlukla (%97) yazarlarının makalelerini kişisel veya kurumsal Web sayfa/sitelerinde herhangi bir zaman diliminde yayınlanmasını destek vermekte. yazarlarının kurumlarında kurumsal açık arşiv yapılandırılması durumunda eserlerinin orijinal sürümü ile konulmasına izin vermektedirler. Sonuç olarak, ülkemizde, kısa bir zaman aralığında kurumsal açık arşivlerde bilimsel içerik arşivlenmesi gerçekleştirilebilecek, işlevselliklerinde artış sağlanabilecektir.Article A Practical Distributed Lightweight Multi-Hop Time Synchronization Algorithm for Linear Wireless Sensor Networks Implemented on a Pic Based System With Realistic Experimental Analysis(Sakarya University, 2020) Erpay, A.; Al Imran, M.A.; Kara, A.Time synchronization is fundamental in the distributed networked systems, especially in Wireless Sensor Networks where a global time is essential to make sense of the events like collection of data and scheduled sleep/wake-up of nodes. There exists numerous time synchronization algorithms and techniques in the literature. Nonetheless, these proposed methods lack realistic experimentation of the synchronization process which is vital from the realization point of view. This study aims to bridge that gap by presenting a distributed lightweight time synchronization protocol implemented on an inexpensive PIC platform. Furthermore, PIC-based systems hadn’t been investigated before and gives an idea of the simplicity of the algorithm. Experimental analysis was done to see the performance of the protocol. The core motivation of the experiments was to the study the impact of the environment (e.g. indoor, outdoors, temperature variations and interference) on the synchronization. Our findings show that temperature indeed impedes the synchronization accuracy. © 2020, Sakarya University. All rights reserved.Conference Object Software Change Size Measurement: an Exploratory Systematic Mapping Study(CEUR-WS, 2024) Hacaloglu, T.; Küçükateş Ömüral, N.; Kılınç Soylu, G.; Demirörs, O.Change in software projects can occur through various channels. Customers may request modifications or new features; appraisal activities such as reviews or testing may uncover issues that necessitate adjustments, or products may need to adapt to changes in their operating environment. Therefore, it is essential to assess these changes explicitly and objectively within the scope of software engineering activities. Specifically, quantifying change by measuring its size is crucial for successful management, as without a meaningful metric, it is impossible to accurately assess its impact on the project's effort, schedule, and cost. This study aims to explore the concept of change in software engineering literature, with a particular emphasis on the methods used to measure its size. The study reveals that the current literature on this topic is still in its early stages and the measurement and estimation of changes remain challenging throughout both development and maintenance phases. According to the reviewed articles, size is primarily used for effort estimation. Various software artifacts from different stages of the Software Development Life Cycle (SDLC) serve as input for change measurement, highlighting the need for a versatile size measurement applicable across all SDLC phases. Most of the reviewed articles interpret change in the context of maintenance activities. This research sets a benchmark for the status of software size measures for software change and highlights related problems to suggest further research topics. © 2024 Copyright for this paper by its authors.Article Citation - Scopus: 1The Rise of Artificial Intelligence in Vascular Surgery: a Bibliometric Analysis (2020-2024)(Turkish National Vascular and Endovascular Surgery Society, 2024) Tosun, Burcu; Demirkılıç, UfukAim: This study aims to perform a comprehensive bibliometric analysis of academic publications on AI applications in vascular surgery, identifying key authors, influential journals, prevalent research themes, and international collaborations, focusing on infrastructure, conceptual structure, and social networks within the field.Material and Methods: The analysis covers 815 documents published from 2020 to 2024, retrieved from the Web of Science Core Collection database. Metrics analyzed include publication growth, citation rates, key contributors, leading journals, prevalent themes, and international collaborations.Results: The research output showed a 15% annual growth rate, peaking in 2023. Despite increasing publications, the average citation rate per article declined. The study identified 5039 contributors with significant international co-authorship. Leading authors included Lareyre F and Raffort J, and the \"Journal of Vascular Surgery\" was the most influential journal. The USA and China led in contributions, reflecting robust research infrastructure. Key themes include risk assessment, diagnostic methods, and patient management, highlighting AI's role in enhancing diagnostic accuracy, treatment planning, and patient outcomes in vascular surgery.Conclusion: The analysis highlights the rapid growth and collaborative nature of AI research in vascular surgery. Key contributors, influential journals, and emerging themes were identified, emphasizing AI's role in improving diagnostics and patient outcomes. Limitations include the focus on one database and a five-year period, suggesting future research should include more databases and a longer timeframe. Exploring high-impact studies and practical applications will further advance the field.Conference Object Citation - Scopus: 7Challenges of using software size in agile software development: A systematic literature review(CEUR-WS, 2018) Hacaloglu,T.; Demirors,O.Software size is a fundamental measure for software management. Size is used for a variety of purposes, such as benchmarking, normalization, and portfolio measurement, and it is frequently considered as the sole input of estimation. Estimations can be produced for various reasons; e.g., to predict effort, cost and duration of software development projects. There are different types of software size measures. Particularly in projects where agile methodologies are adopted, measurement becomes a significant challenge as it is perceived as a non-value-added task and records of tasks such as requirements identification are not always consistent. The difficulties of applying traditional size measurement techniques in agile contexts, however, do not diminish the need, and new methods and techniques are introduced to improve the manageability of the agile projects. In this paper, we discuss estimation and measurement approaches in relation with ―software size in agile contexts. Based on this review, we present the perceptions of software size and related challenges, such as misinterpretation of size, difficulties in implementation, and acceptability of the measurement processes. We anticipate that providing a baseline for the state of software size measures in agile contexts and presenting related challenges, particularly in terms of its acceptability by practitioners can shed light on the development of new techniques. © 2018 CEUR-WS. All rights reserved.Article Citation - Scopus: 3Protective Effects of Metformin in Non-Diabetic Rats With Experimentally Induced Lower Extremity Ischemia-Reperfusion Injury(Turkish National Vascular and Endovascular Surgery Society, 2025) Küçük, Ayşegül; Dursun, Alı Dogan; Arslan, Mustafa; Sezen, Şaban Cem; Yıldırım, Alperen Kutay; Özer, Abdullah; Demirtas, HuseyinAim: Lower extremity ischemia-reperfusion (IR) injury can lead to substantial skeletal muscle damage and systemic complications, primarily driven by oxidative stress and inflammation. In addition to its well-known glucose-lowering effects, metformin possesses antioxidant and anti-inflammatory properties that may confer protection against tissue damage caused by IR. This study aims to evaluate the potential protective effects of metformin on skeletal muscle injury using a rat model of lower extremity IR.Material and Methods: A total of twenty-four male Wistar albino rats were randomly divided into four experimental groups: Control (C), Ischemia-Reperfusion (IR), IR with metformin at 4 mg/kg (IR+M4), and IR with metformin at 8 mg/kg (IR+M8). Ischemia was induced by clamping the infrarenal aorta for 45 minutes, followed by a reperfusion period of 120 minutes. In the treatment groups, metformin was administered intraperitoneally at the onset of ischemia. Gastrocnemius muscle tissues were harvested for subsequent histopathological and biochemical evaluations, including measurements of Total Antioxidant Status (TAS), Total Oxidant Status (TOS), and Oxidative Stress Index (OSI).Results: Histopathological analysis demonstrated a significant reduction in muscle atrophy, degeneration, leukocyte infiltration, and fiber fragmentation in the IR+M8 group compared to the IR group. Biochemical assessments showed that TAS levels were considerably elevated, whereas TOS and OSI levels were markedly reduced in the metformin-treated groups, with the most prominent effects observed at the higher dosage of 8 mg/kg.Conclusion: The findings indicate that metformin exerts a dose-dependent protective effect against skeletal muscle injury resulting from lower extremity ischemia-reperfusion in rats. These protective properties are likely due to metformin’s antioxidant and anti-inflammatory mechanisms, highlighting its potential therapeutic value in mitigating IR-induced tissue damage.Editorial Preface(Springer International Publishing, 2017) Hwang, J.-Y.; Jiang, T.; Kennedy, M.W.; Yücel, O.; Pistorius, P.C.; Seshadri, V.; Keskinkiliç, E.Article Citation - Scopus: 4University Librarians’ Perceptions Of Artificial Intelligence, Its Application Areas İn Libraries, And The Future;(University and Research Librarians Association (UNAK), 2024) Cuhadar, Sami; Gurdal, Gultekin; Erken, Mehmet; Mert, Selma; Gezer, Cagatay; Helvacıoğlu, Ece; Atli, SongülGünümüzde kütüphaneler, değişen teknoloji ve yeniliklerden etkilenen kurumlar arasında yer almaktadır. Yapay zeka teknolojilerinin popüler hale gelmesi, kütüphane hizmetlerini de dönüştürmeye başlamıştır. Bu araştırmada, Türkiye’deki üniversite kütüphanelerinin yapay zeka teknoloji ve uygulamalarının gelişim sürecinde yapmış olduğu ve yapmayı planladığı düzenlemeleri tespit etmek ve ilgili döneme özel geliştirdikleri hizmetleri belirlemek amacıyla bir anket uygulanmıştır. Anket, Türkiye’deki 208 üniversite kütüphanesinden 111 üniversite kütüphanesi yöneticisinin katılımıyla gerçekleştirilmiştir. Verilerin analizi ile üniversite kütüphanelerinin yapay zeka teknolojileri ve uygulamaları hakkındaki durumu, bilgi ve farkındalık düzeyleri belirlenmiş, eksik ve zayıf yönlerin geliştirilmesine yönelik önlemler ve öneriler sunulmuştur. İlgili araştırma, yapay zeka konusunda Türkiye’de üniversite kütüphanesi yöneticilerinden görüş ve öneri alarak gerçekleştirilen ilk ve en kapsamlı çalışmadır. Araştırma bulguları, üniversite kütüphanelerinin ChatGPT, Gemini, Grammarly vb. yapay zeka uygulamalarını belirli düzeyde kullandıklarını ancak yapay zeka ile ilgili kurumsal politika geliştirme, personele yetkinlik kazandırma ve planlama konularında ihtiyaçlarının olduğunu ortaya çıkarmıştır.Conference Object Fcnc Decays of Spin-1/2 Double Heavy Baryons To Spin-3/2 Single Heavy Baryons(E D P Sciences, 2024) Aliev, Tahmasib; Askan, Emre; Ozpineci, Altug; Sarac, YaseminIn recent years, there have been many discoveries in the spectroscopy of hadrons containing heavy quarks. Almost all baryons containing a single heavy quark are discovered in experiments. The quark model predicts the existence of many baryons with double heavy quarks. Among the possible double heavy baryons, only Xi(+)(cc) and Xi(++)(cc) have been experimentally observed in LHCb. Flavor-changing neutral current (FCNC) processes represent a promising platform for precise testing of SM and looking for new physics beyond the SM. In this study, the weak decays of spin-1/2 double heavy baryons to spin3/2 single heavy baryons induced by FCNC are studied within the light cone QCD sum rules method. First, the transition form factors of Xi(0,-)(bb) -> Xi(*0,(l) over bar l)(b), Xi(0,-)(bb) -> Sigma(*0,(l) over bar l)(b), Omega(-)(bb) -> Sigma(b)*(-(l) over barl), Omega(-)(bb) -> Sigma(*0,(l) over bar l)(b) decays are calculated. Then, the corresponding decay widths are estimated using the results for the form factors.
