Korkmaz Özkan, Filiz

Profile Picture
Profile URL
https://hdl.handle.net/20.500.14411/6821
Name Variants
Korkmaz Ozkan,Filiz
K.,Filiz
F.,Korkmaz Ozkan
Filiz, Korkmaz Özkan
Korkmaz Ozkan,F.
K.Ö.Filiz
Korkmaz Özkan,F.
K. O. Filiz
Korkmaz F.
F.,Korkmaz Özkan
F., Korkmaz Ozkan
Filiz, Korkmaz Ozkan
Filiz Korkmaz Özkan
F., Korkmaz Özkan
Korkmaz Ozkan, Filiz
Korkmaz Özkan, Filiz
K. Ö. Filiz
K., Filiz
Özkan, Filiz Korkmaz
Korkmaz, Filiz
Job Title
Profesör Doktor
Email Address
filiz.korkmaz@atilim.edu.tr
Main Affiliation
Physics Group
Status
Website
https
ORCID ID
0000-0003-3512-3521
Scopus Author ID
8664101000
Turkish CoHE Profile ID
Google Scholar ID
4NU4lXwAAAAJ
WoS Researcher ID
2752134

Sustainable Development Goals

2

ZERO HUNGER
ZERO HUNGER Logo

0

Research Products

14

LIFE BELOW WATER
LIFE BELOW WATER Logo

0

Research Products

17

PARTNERSHIPS FOR THE GOALS
PARTNERSHIPS FOR THE GOALS Logo

0

Research Products

5

GENDER EQUALITY
GENDER EQUALITY Logo

0

Research Products

16

PEACE, JUSTICE AND STRONG INSTITUTIONS
PEACE, JUSTICE AND STRONG INSTITUTIONS Logo

0

Research Products

8

DECENT WORK AND ECONOMIC GROWTH
DECENT WORK AND ECONOMIC GROWTH Logo

0

Research Products

4

QUALITY EDUCATION
QUALITY EDUCATION Logo

0

Research Products

6

CLEAN WATER AND SANITATION
CLEAN WATER AND SANITATION Logo

3

Research Products

7

AFFORDABLE AND CLEAN ENERGY
AFFORDABLE AND CLEAN ENERGY Logo

0

Research Products

10

REDUCED INEQUALITIES
REDUCED INEQUALITIES Logo

0

Research Products

11

SUSTAINABLE CITIES AND COMMUNITIES
SUSTAINABLE CITIES AND COMMUNITIES Logo

0

Research Products

9

INDUSTRY, INNOVATION AND INFRASTRUCTURE
INDUSTRY, INNOVATION AND INFRASTRUCTURE Logo

0

Research Products

1

NO POVERTY
NO POVERTY Logo

0

Research Products

3

GOOD HEALTH AND WELL-BEING
GOOD HEALTH AND WELL-BEING Logo

3

Research Products

12

RESPONSIBLE CONSUMPTION AND PRODUCTION
RESPONSIBLE CONSUMPTION AND PRODUCTION Logo

0

Research Products

13

CLIMATE ACTION
CLIMATE ACTION Logo

0

Research Products

15

LIFE ON LAND
LIFE ON LAND Logo

2

Research Products
Documents

24

Citations

665

h-index

9

Go to Scopus profile
Documents

0

Citations

0

Go to WoS profile
Scholarly Output

27

Articles

22

Views / Downloads

6/0

Supervised MSc Theses

4

Supervised PhD Theses

0

WoS Citation Count

597

Scopus Citation Count

618

WoS h-index

9

Scopus h-index

8

Patents

0

Projects

0

WoS Citations per Publication

22.11

Scopus Citations per Publication

22.89

Open Access Source

9

Supervised Theses

4

Google Analytics Visitor Traffic

JournalCount
Scientific Reports4
Spectrochimica Acta Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy2
Physica B: Condensed Matter2
Archives of Biochemistry and Biophysics2
Journal of Biomolecular Structure and Dynamics1
Current Page: 1 / 4

Scopus Quartile Distribution

Competency Cloud

GCRIS Competency Cloud

Filters

2017 - 201932020 - 20254
Reset filters

Settings

Has files: true

Scholarly Output Search Results

Now showing 1 - 7 of 7
  • Thumbnail Image
    Article
    Citation - WoS: 2
    Citation - Scopus: 2
    Biosorption of Reactive Dyes by Novel Bacterium Leclercia Adecarboxylata: Complete Removal of Reactive Black 5 and Molecular Insights Into the Adsorption Mechanism
    (Wiley, 2025) Sen, Seda; Korkmaz, Filiz; Kilic, Nur Kocberber
    Leclercia adecarboxylata isolated from the D & uuml;den Waterfall (Turkey) was utilized as a biosorbent for the removal of Reactive Black 5 (RB5), Setazol Blue BRF-X (BRF-X), Setazol Navy Blue SBG (SNB), and Setazol Turquoise Blue G (STBG). Of the dyes, RB5 was removed with the highest efficiency, 97.4% after 60 min. The effect of parameters such as pH (3-9), initial biosorbent dose (0.1-2.0 g/L), and initial dye concentration (25-1200 mg/L) on the biosorption of RB5 was investigated. Increasing the biosorbent dosage from 0.1 to 2.0 g/L enhanced the RB5 removal from 55.3% to 100% within 10 min. The complete removal (100%) of RB5 was achieved in media with 2.0 g/L biosorbent and 25 mg/L RB5 at pH 3 after 10 min. Additionally, the soluble extracellular polymeric substances (EPS) of L. adecarboxylata were found to consist of proteins, lipids, nucleic acids, and polysaccharides according to Fourier transform infrared spectroscopy (FTIR) analysis. The EPS was found to play a crucial role in dye removal, forming chemical interactions with dye molecules. Zeta potential analysis was used to evaluate the charge distribution on the biosorbent surface (-12.6 +/- 1.1 mV) and its interactions in the biosorption process. Kinetic and isotherm models suggested a complex interaction mechanism between the biomass and the dye. Adsorption isotherm data were analyzed via nine isotherm models. Among them, the Hill model was found to be the best fit for describing the equilibrium adsorption process of the RB5 (R2 = 0.9993). Overall, the applied models elucidated the influence of both physical and chemical interactions on the mechanism. Kinetic studies revealed that the adsorption of RB5 fit a pseudo-second-order kinetic model. The unique biochemical composition of the indigenous L. adecarboxylata biosorbent provided a high affinity for RB5, offering a sustainable, rapid, and economical solution for the treatment of dye-polluted water.
  • Thumbnail Image
    Article
    Citation - WoS: 2
    Citation - Scopus: 4
    Nanoremediation of Toxic Dyes Using a Bacterial Consortium Immobilized on Cellulose Acetate Nanofiber Mats
    (Wiley, 2024) Erkoc, Esra; Tuzun, Imre; Korkmaz, Filiz; San Keskin, Nalan Oya; Kocberber Kilic, Nur
    Stenotrophomonas maltophilia and Ochrobactrum sp. demonstrated the highest rates of dye bioremediation. The trials were performed at pH 8, which resulted in the highest bioremediation rate of 64.6% in media containing 21.2 mg L-1 dye. As the dye concentration increased, the pollutant removal decreased, with the maximum bioremoval rate of 70.3%. The removal capacity was increased with an increase in biomass concentration; the highest yield of 91.3% was obtained in media containing 14.2 mg L-1 dye and 12% (v/v) biomass. In nanoremediation studies, the bacterial consortium was immobilized on cellulose acetate nanofiber mats (CA-NFM). Scanning electron microscopic micrographs showed that bead-free nanofiber mats were effective in immobilizing bacterial cells. Moreover, nanofiber structures were capable of supporting exopolysaccharides formation, as confirmed by Fourier transform & imath;nfrared spectroscopy. The bacterial consortium immobilized on CA-NFM showed a maximum bioremoval rate of 56.5%. Reusability tests demonstrated that the consortium immobilized CA-NFM could be used at least five times. Furthermore, after leaving the mat for 1 month at 4 degrees C, it was still usable, and the removal efficiency was found to be 45.4%. Based on our findings, bacteria immobilized on CA-NFM have the potential to be used as highly effective and versatile nanobiotechnological biological sorbents in the treatment of wastewater containing dyes.
  • Thumbnail Image
    Master Thesis
    Gas(x)se(1-x) Katmanlı Karışım Kristallerinin Yapısal ve Elipsometrik Özellikleri
    (2017) Habaibi, Om-alhana; Işık, Mehmet; Özkan, Filiz Korkmaz
    GaSxSe1-x katmanlı karışım kristalleri yapısal ve optiksel karakterizasyon teknikleri kullanılarak incelendi. Bridgman metodu ile büyütülen örneklerin yapısal karakterizasyonu x-ışını kırınımı (XRD), enerji saçılım spektroskopisi (EDS) ve Fourier transform kızılötesi spektroskopisi teknikleri kullanılarak başarıldı. Karışım kristallerinin kompozisyonal bağımlılığı EDS deneyleri ile elde edildi. Ölçümlerin sonuçları, kullanılan örneklerin x değerinin 0.25 aralıklar ile 0 ile 1 arasında olduğu kompozisyona denk geldiğini gösterdi. Örneklerin kristal yapısı XRD ölçümlerinin sonuçlarını ve analiz için bir yazılım programı kullanarak açığa çıkarıldı. FTIR tayfları x=0, 0.25 ve 0.50 kompozisyonlarındaki örneklerin içerisinde çoklu fonon emiliminin var olduğunu gösterdi. XRD ve FTIR deneylerinin sonuçları kullanılan kompozisyonlar arasında ilişkilendirildi. Örneklerin optiksel karakterizasyonu 1.2-6.0 eV spektral aralıpında gerçekleştirilen elipsometri deneyleri ile tamamlandı. Ölçüm sisteminin çıkış datası optiksel parametrelerin spektraş bağımlılığını gösteren dataya çevrildi. Elipsometrik data örneklerin bant boşluğu enerjilerini elde etmek için kullanıldı. Elde edilen bant enerjisi değerleri karışım kristallerinde sülfür kompozisyonu arttıkça bant enerjisinin 2.4 eV'tan (x = 0) 2.57 eV'a (x = 1) arttığını gösterdi. Ortaya çıkarılan bant enerji değerlerine göre bant boşluğu enerjisinin kompozisyona bağlılığını gösteren bir grafik çizildi.
  • Thumbnail Image
    Master Thesis
    N-(piridin-2-il) metilen benznamine içeren platin(II) kompleksinin sentezi, karakterizasyonu ve spektroskopik yöntemlerle DNA, HSA ve BSA'ya bağlanma davranımları
    (2017) Abdalla, Rema A İbrahim; Yaman, Şeniz Özalp; Özkan, Filiz Korkmaz
    Cisplatinin (Pt(NH3)2Cl2) yapısal analogları DNA ile benzer şekilde etkileştiği için, yeni platin temelli antitümör ilaçlarının, cisplatinden daha aktif olması ve çeşitli nedenlerle oluşabilecek ilaç direncini yenebilmesi beklenilmektedir. Bu amaçla, N-(piridin-2-il)metilen benzamin (L) ligandı içeren PtCl2 kompleksi sentezlenmiş ve karakterizasyonu tamamlanmıştır. Pt(L)Cl2 bileşiğinin buzağı DNA'sı ve serum albumin (BSA ve HSA) ile etkileşimleri test edilmiştir. Pt(L)Cl2 kompleksinin DNA'ya bağlanma mekanizmasını belirleyebilmek için çeşitli spektroskopik yöntemler kullanılmıştır. Platin kompleksi varlığında DNA çözeltisi ile gerçekleştirilen elektronik soğurma spektrumu, termal davranım, viskosite ölçümleri ve florometrik titrasyon deneyleri Pt(L)Cl2'nin DNA ile elektrostatik etkileşim yaptığını kanıtlamıştır. Aynı şekilde, spektroskopik ve viskometrik bulgular Pt(L)Cl2'nin serum proteinleri ile elektrostatik olarak etkileştiğini göstermiştir. Etkileşimin her iki protein için de hidrofobik bölgede olduğu, triptofan etrafında hidrofilite artışı ve alfa heliksler etrafında hidrofilite artışı ile ortaya konulmuştur. Öte yandan sürdürülen detaylı FTIR ölçümlerinden Pt(L)Cl2'nin BSA ya da HSA ile etkileşim noktası husunda net bir bilgi edinilememiştir.
  • Thumbnail Image
    Master Thesis
    İnsan İdrarları Arasında Gözlenen Çeşitliliğin Yapay İdrar Sistemi ve Ftır Spektroskopisi Kullanılarak Anlaşılması
    (2023) Ahmed, Marıam Hany Farouk Mohamed; Özkan, Filiz Korkmaz
    İdrar testleri, çeşitli tıbbi bozuklukları tanımlamanın ve teşhis etmenin yaygın ve uygun bir yoludur. Bu çalışmada, 9 yapay idrar bileşeninin normal minimum ve maksimum değerlerinin spektrumunu belirlemek için yeni bir yapay idrar protokolünü (MP-AU) kullanıyoruz. Fourier Transform Infrared (FTIR) spektroskopisi, varsa bozuklukların erken saptanmasına yardımcı olacak bu spektrumları oluşturmak için kullanılmıştır. Hastanın idrar numunesinden elde edilen spektrum, minimum ve maksimum normal değerler için yapay idrar çözeltilerinden elde edilen spektrumlarla karşılaştırılabilir. Bu karşılaştırmanın sonucu hastanın sağlığı ile ilgili olacaktır. Hastanın spektrumu bu iki normal spektrum arasında yer alıyorsa, hastanın sağlık olduğu düşünülebilir. Buna bağlı olarak, hastanın spektrumu normal aralığın dışına çıkarsa, anomaliyi saptamak için daha fazla test istenebilir. Bu çalışmanın bulguları, yapay idrar sistemi içindeki bileşenlerin miktarının, FTIR spektrumundaki tepe noktalarının genlikleri ile ilişkili olduğunu ortaya koymaktadır. Ayrıca, daha sonraki çalışmalarda referans olarak kullanılmak üzere, test edilen idrar bileşenlerinin karakteristik bant pozisyonları da belirlenmiştir. Bu çalışma Atılım Üniversitesi Araştırma Destek programı çerçevesinde ATÜ-ADP-2122-01 numaralı proje ile finansal olarak desteklenmiştir.
  • Thumbnail Image
    Master Thesis
    5,6-di(pyridin-2-yl)-2,3-dihydropyrazine Ligand İçeren Yeni Platin(ıı) Kompleksinin Dna ve Bsa'ya Bağlanma Bağlanma Kabiliyetinin Spektroskopik Olarak İncelenmesi
    (2017) Salem, Asma Mabrouk Mohamed; Yaman, Şeniz Özalp; Özkan, Filiz Korkmaz
    Cisplatin kemoterapi tedavisinin yan etkilerinin azaltılması için daha etkin ve daha düşük toksisite değerlerine sahip yeni platin kompleksleri tasarlayarak sentezlerini gerçekleştirmek bu alanda çalışan araştırmacıların ana amacıdır. Bu gaye ile, çalışmamızda cisplatinin yapısal bir benzeri olarak 2,3-bis(2-pyridil)-5,6-dihidropyrazin içeren yeni bir platin kompleksi (PtLCl2) modellenmiş, sentezlenmiş ve yapısal analizleri çeşitli spektroskopik yöntemler kullanılarak tamamlanmıştır. Kompleksin DNA'ya bağlanma tipini belirleyebilmek için UV tirasyon, florometrik titrasyon, termal bozunma ve vizikometri deneyleri fizyolojik artamda yaılmıştır. Termodinamik parametreler yine UV titrasyon deneylerinin farklı sıcaklıklarda yinelenmesi ile elde edilmiştir. Deneyler sonucunda, PtLCl2'nin DNA'nın boşluklarına tutunduğuya da elektrostatik bir etkileşim yaptığı bulunmuştur. PtLCl2'nin BSA ile etkileşimi DNA bağlanma deneylerinde kullanılan yöntemlerle benzer teknikler kullanılarak belirlenmiştir. Sonuçlar kompleksin BSA'ya proteinin hidrofobik bölgesinden bağlanarak hidrofilitesini artırdığını açıkça göstermiştir. Ptotein- kompleks etkileşim alanının belirlenmesi için yapılan ayrıntılı FTIR spektroskopisi analizleri de PtLCl2'nin etkisiyle proteinin hidrofilitesini arttığını doğrular sonuçlar vermiştir.
  • Thumbnail Image
    Article
    Citation - WoS: 7
    Citation - Scopus: 6
    Using urine FTIR spectra to screen autism spectrum disorder
    (Nature Portfolio, 2023) Sarigul, Neslihan; Bozatli, Leyla; Kurultak, Ilhan; Korkmaz, Filiz
    Autism spectrum disorder (ASD) is a heterogeneous neurodevelopmental disorder caused by multiple factors, lacking clear biomarkers. Diagnosing ASD still relies on behavioural and developmental signs and usually requires lengthy observation periods, all of which are demanding for both clinicians and parents. Although many studies have revealed valuable knowledge in this field, no clearly defined, practical, and widely acceptable diagnostic tool exists. In this study, 26 children with ASD (ASD+), aged 3-5 years, and 26 sex and age-matched controls are studied to investigate the diagnostic potential of the Attenuated Total Reflectance-Fourier Transform Infrared (ATR-FTIR) spectroscopy. The urine FTIR spectrum results show a downward trend in the 3000-2600/cm region for ASD+ children when compared to the typically developing (TD) children of the same age. The average area of this region is 25% less in ASD+ level 3 children, 29% less in ASD+ level 2 children, and 16% less in ASD+ level 1 children compared to that of the TD children. Principal component analysis was applied to the two groups using the entire spectrum window and five peaks were identified for further analysis. The correlation between the peaks and natural urine components is validated by artificial urine solutions. Less-than-normal levels of uric acid, phosphate groups, and ammonium (NH4+) can be listed as probable causes. This study shows that ATR-FTIR can serve as a practical and non-invasive method to screen ASD using the high-frequency region of the urine spectrum.