Browsing by Author "Ozalp, Cengiz"

Now showing 1 - 6 of 6

Citation - WoS: 4
Citation - Scopus: 5
16s Bacterial Metagenomic Analysis of Herby Cheese (otlu Peynir) Microbiota
(Istanbul Univ-cerrahpasa, 2021) Sudağıdan, Mert; Yurt, Mediha Nur Zafer; Taşbaşı, Behiye Büşra; Acar, Elif Esma; Ömeroğlu, Esra Ersoy; Uçak, Samet; Aydın, Ali; Ozalp, Cengiz; Ersoy Omeroglu, Esra; Mediha Nur, Zafer YURT
Cheese microbiota may contain various bacterial species due to the use of different types of milk, rennet, and herbs. In this study, the distribution of the dominant bacteria present in the microbiota of herby cheese samples (n = 13) were examined by the next generation sequencing (NGS) technique. DNA was extracted both directly from cheese samples and after pre-enrichment. The metagenomic analysis of the NGS results revealed that Firmicutes were dominant both in DNA directly extracted from herby cheese (KOP), and pre-enriched samples (OP), at the phylum level. At the genus level, Lactobacillus, Lactococcus, and Streptococcus were dominant in the KOP samples, whereas in the OP samples, Enterococcus, Streptococcus, and Bacillus were determined as the dominant bacterial genera. Although Lactococcus raffinolactis and Streptococcus salivarius were dominant in the KOP samples, Enterococcus faecalis and S. salivarius were dominant in the OP samples. The Shannon species diversity index and principal coordinates analysis (PCoA) were used to determine the distribution in KOP and OP samples at the genus level. The PCoA of KOP-10, KOP-11, KOP-2, and KOP-7, KOP-3, and KOP-6 samples showed the wide distribution, whereas KOP-5, KOP-8, KOP-9, and KOP-14 herby cheese samples were closely related. The OP samples, especially OP-7 and OP-14, showed wide distribution in comparison to other OP samples. Finally, the dominant bacterial communities were identified by DNAbased metagenomic analysis, and this is the first report to elucidate the microbiota of herby cheese produced in Turkey using the NGS technique.
Boza Mikrobiyotasının Fermantasyon Sürecindeki Değişimi
(2021) Kavruk, Murat; Yurt, Mediha Nur Zafer; Taşbaşı, Behiye Büşra; Acar, Elif Esma; Soyuçok, Ali; Altunbaş, Osman; Sudağıdan, Mert; Ozalp, Cengiz
Boza, insan sağlığı için yararlı mikroorganizmaları içeren fermente bir içecektir. Çalışmamızda boza üretiminde ham madde olarak kullanılan (mısır unu, buğday unu, mayşe) ve boza fermantasyonunun 1. günü, 3. günü ve 4. gün son ürün boza’nın içerdiği mikrobiyota Yeni Nesil DNA Dizileme yöntemi ve metagenomik analiz ile ortaya çıkarılmıştır. Örneklerden doğrudan cins düzeyinde yapılan analiz sonucunda, mısır unu ve buğday ununda dominant olarak Streptophyta ve Pleomorphobacterium bulunurken; bozanın 1. gün, 3. gün ve son ürün ile boza mayasında dominant bakterilerin Leuconostoc ve Lactococcus cinsine ait olduğu tespit edilmiştir. Ön zenginleştirme yapılan örneklerin analizinde, mısır ununda dominant bakteriler Enterococcus, Klebsiella ve Micromonospora, buğday ununda ise Pantoea ve Bacillus olduğu, boza mayası, 1. gün boza, 3. gün boza ve satışa sunulan son üründe dominant bakteri Lactococcus olarak belirlenmiştir. Çalışmamızda örnekler arasındaki bakteriyel çeşitlilik, benzerlik ve farklılıklar Principal Coordinate Analiz ve dendrogram oluşturulması ile ortaya konmuştur. Boza üretiminde kullanılan ham maddelerin bozanın fermantasyon aşamalarındaki ürünler ile fermantasyon sürecinde mikrobiyotasına nasıl değiştiği ve son ürüne olan katkıları, DNA düzeyinde yapılan metagenomik analizler ile belirlenmiştir.
Gıda Örneklerinde Listeria Monocytogenes Tayini İçin Yeni Qcm Tabanlı Aptasensör Geliştirilmesi
(2023) Bayramoğlu, Gülay; Erkaya, İlkay Açıkgöz; Aydın, Ali; Özalp, Veli Cengiz; Kılıç, Murat; Tural, Sena Nur; Çimen, Ayşe Gül; Ozalp, Cengiz; Keskin, Feyza Nur
Projede kapsamında, çalışmanın ilk aşamasında hedef bakteri L. Monocytogenes 10 farklı gıda örneklerinden izole edilen L. monocytogenes bakterileri multipleks PCR (PZR) ile karakterize edilmiştir. DNA ekstraksiyonu ardından L. monocytogenes'e özgü gen bölgeleri PZR yöntemi ile çoğaltılmıştır. L. monocytogenes özgül aptamerler adaylarının seçimi için SELEX döğüleri kullanılmış ve elde edilen dizilerin motif araması sonucunda ondan fazla anlamlı motif içeren aptamer adayları belirlenmiştir. Elde edilen aptamer aday dizileri floresan veya tiol işaretli olarak hazırlanmış ve bağlanma afiniteleri floresan yöntemle hesaplanmıştır. Daha sonra, aptamer adaylarının bağlanma kinetikleri kuarzt kristal mikrotartı (QCM) yöntemi ile yapılmıştır. Daha sonra, QCM sisteminin çipi ve manyetik ön derişim sisteminin manyetik partikülleri (Fe3O4) çift tabakalı biyo-uyumlu iki faklı polimerle kaplanması gerçekleştirilmiştir. Bu kaplama için, polidopamin (PDA) ve diaminopoliethilenglikol (DAPEG) aşılama amacı ile kullanılmıştır. Bu doğrultuda, ön deriştirme sistemi olarak kullanılmak üzere, ısı ile çöktürme yöntemi ile manyetik Fe3O4 nano-parçacıklar hazırlanmıştır ve yüzeylerinde hidrofilik özellikte çift katmanlı polimer tabakası oluşturulmuştur. Bunun için, birinci basamakta, Fe3O4 nano-tanecikleri dopamin çözeltisi içerisinde herhangi bir aktivasyon ajanına gerek kalmadan kendiliğinden polimerleşmesi sonucunda yüzeyde PDA tabakası oluşturulmuştur. Daha sonra, Fe3O4@PDA nano-parçacıkların yüzeyi ikinci bir hidrofilik polimer tabakası diaminopolietilen glikol (DAPEG) kaplanmıştır. Bu kaplama reaksiyonu için, PDA reaktif grupları ile DAPEG in serbest amin gruplarının reaksiyona girmesi ile ?Fe3O4@PDA@DAPEG? nano-tanecikler elde edilmiştir. Sensör yüzeyi de manyetik nanopartikül yüzeyine eşlenik olarak benzer yaklaşım kullanılarak hazırlanmıştır. Fe3O4@PDA@DAPEG nano-tanecikler çeşitli bakteri örnek ortamlarından ön-zenginleştirme işlemi için başarılı bir şekilde kullanılmış ve ardından elüe edilen bakteriler L. monocytogenes?e özgül aptamer içeren ÇİP@PDA@DAPEG-Apt sensörü, temas ettirilerek örneklerinden hedef bakteri L. monocytogenes?in gerçek zamanlı tespiti için kullanılmıştır. XRD verileri manyetik partiküllerin reaksiyon sonrasında yapısının bozulmadığını göstermiştir. Fe3O4, Fe3O4@PDA ve Fe3O4@PDA@DAPEG?lerinin doygunluk manyetizasyonu, sırasıyla 57,2, 40,8 ve 36,4 emu g-1 olarak belirlenmiştir. Fe3O4@PDA@DAPEG-Apt nanoparçacıkları ve ÇİP@PDA@DAPEG-Apt farklı sayıda L. monocytogenes hücresi (101 ile 1010 CFU/ml arasında hazırlanan örnekler) kullanılarak ölçümleme eğrileri elde edilmiştir. 105 bakteri hücresi PBS tamponuna ilave edilip Fe3O4@PDA@DAPEG-Apt nanopartikülleri ile teması ve eluentin QCM sensöründe frekans değişimi 3826,24 Hz olarak bulunmuştur. Eluentin plaka sayım analizinden L. Monocytogenes hücre sayısının 13696 CFU bulunmuştur Fe3O4@PDA@DAPEG-Apt nanopartiküller ortamdaki bakterilerin %90 üzerinde bir uzaklaştırma sağladığı bulunmuştur. Geliştirlen sistemin seçiciliği L. monocytogenes kıyasla diğer üç farklı Listeria suşlarının L. ivanovii (ATCC 19119), L. innocua (ATCC 33090) ve L. seeligeri (ATCC 35957) suşlarının sırasıyla %10,6, %16,1 ve %1.2 oranında QCM sinyalleri elde edilmiştir. L. monocytogenes gibi Gram pozitif bakteri olan S. aureus'un %14,2 ve B. Subtilus ise 7,5 mertebesinde sinyal ürettiği izlenmiştir. Ayrıca, gram negatif bir bakteri olan E. coli ise %0,2'si mertebesinde referans suşa kıyasla QCM den sinyal elde edilmiştir. Bu sonuçlar, geliştirilen önderişim sistemiminin ve apta-sensörün diğer bakterilere karşı da oldukça seçici olduğunu göstermiştir. Sonuç olarak, hazırlanan ön derişim sistemi kontamine olmuş L. monocytogenes patojeni tespit edecektir ve gerçek zamanlı bir bakteri analizine sahip sistemdir. L. monocytogenes için oldukça özgül bir sistemdir. Ayrıca, aptamerin değiştirilmesi ile diğer patojenlerin tayin edilmesi olanağını da sunmaktadır.
Citation - WoS: 3
Citation - Scopus: 4
Identification of Bacterial Diversity of Bee Collected Pollen and Bee Bread Microbiota by Metagenomic Analysis
(Aves, 2022) Arserim Ucar, Dilhun Keriman; Yurt, Mediha Nur Zafer; Tasbasi, Behiye Busra; Acar, Elif Esma; Yegin, Zeynep; Ozalp, Veli Cengiz; Sudagidan, Mert; Uçar, Dilhun Keriman Arserim; Ozalp, Cengiz; Arserim-uçar, Dılhun Keriman
This study investigated the bacterial diversities of bee-collected pollen and bee bread of Apis mellifera in Turkey. The bacterial community structure of 14 bee pollen from Bingol, Konya, and Hakkari and 11 bee bread samples from Bingol were studied using 16 S rRNA amplicon sequencing and metagenomic analysis. The dominant bacterial phylum in pollen and bee bread samples was Firmicutes, followed by Proteobacteria. In pollen and bee bread samples, Bacillaceae, Clostridiaceae, Enterococcaceae, and Enterobacteriaceae were identified as dominant bacterial families. At the genus level, Bacillus, Clostridium sensu stricto, and Enterococcus were dominant bacteria in both pollen and bee bread samples. The most abundant species was Clostridium perfringens in both pollen and bee bread samples. Escherichia vulneris, Enterococcus faecalis, Bacillus cereus, Enterococcus casseliflavus, and Cronobacter malonaticus were identified with high reads in pollen samples. In bee bread samples, E. faecalis, Clostridium bifermentans, and Pantoea calida were abundant bacterial species. Alpha diversity showed that pol-3 sample had the highest diversity. Beta-diversity plots separated the pollen samples into four main groups and bee bread samples into three main groups. Our results indicated that the culture-independent metagenomic analysis will be a valuable tool for determining the microbial diversity of bee products produced in Bingol-Turkey one of the important centers of apiculture.
Identification of Bacterial Vaginal Microbiota Via Metagenomic Approach
(Galenos Publ House, 2022) Ucak, Samet; Sudagidan, Mert; Yurt, Mediha Nur Zafer; Tasbasi, Behiye Busra; Acar, Elif Esma; Tuna, Bilge Guvenc; Ozalp, Veli Cengiz; Ozalp, Cengiz; Dogan, Soner
Aim: The aim of the current study was to identify vaginal bacterial microbiota of 38 Turkish women using the high -throughput next -generation sequencing and metagenomic approach at different taxonomic levels from the kingdom to the species level. Materials and Methods: Vaginal swab samples (n=38) were collected in the DNA/RNA shield collection tubes at Yeditepe University Hospital, Department of Obstetrics and Gynecology in June 2021 and DNA extraction was performed by ZymoBIOMICS DNA miniprep kit. The information related to age, marital status, preliminary diagnosis and anamnesis status of patients were collected. To determine the vaginal microbiota, a metagenomic approach was applied using 16S rRNA amplicon sequencing. Results: The dominant phylum Firmicutes was followed by Proteobacteria, Actinobacteria, Tenericutes, Fusobacteria, and Synergistetes in the vaginal samples. Lactobacillus was the most abundant genus followed by Prevotella, Enterobacter, Gardnerella, and Dialister. Lactobacillus iners was dominant at the species level in vaginal swab samples, followed by Gardnerella vaginalis, Enterobacter tabaci, Prevotella timonensis, Prevotella bivia, and Lactobacillus jensenii. Canonical correspondence analysis (CCA) showed that Proteobacteria and Fusobacteria were mainly related to married/single variable with the highest percentages, whereas Actinobacteria and Tenericutes were related to age variable at the phylum level. Campylobacter , Atopobium , Enterobacter , and Lactococcus were mainly found in married/single variable with the highest percentages, whereas Anaerococcus, Streptococcus, Sutterella , and Veillonella were related to age. Moreover, CCA showed that Campylobacter ureolyticus, Lb. jensenii , and Atopobium vaginae were associated with married/single variable, whereas Lactobacillus johnsonii and G. vaginalis were found in age variable with the highest percentages at the species level. Conclusion: Vaginal diseases are still a major public health concern. The vaginal microbiota, which has been studied in more depth in recent years, has been discovered to be more complicated than previously imagined thanks to technological developments. More patient investigations are needed to confirm and develop these findings.
Citation - WoS: 20
Citation - Scopus: 22
Quartz Crystal Microbalance-Based Aptasensor Integrated With Magnetic Pre-Concentration System for Detection of listeria Monocytogenes in Food Samples
(Springer Wien, 2024) Beyazit, Fatma; Arica, Mehmet Yakup; Acikgoz-Erkaya, Ilkay; Ozalp, Veli Cengiz; Bayramoglu, Gulay; Ozalp, Cengiz
A fast and accurate identification of Listeria monocytogenes. A new quartz crystal microbalance (QCM) aptasensor was designed for the specific and rapid detection of L. monocytogenes. Before detection of the target bacterium from samples in the QCM aptasensor, a magnetic pre-enrichment system was used to eliminate any contaminant in the samples. The prepared magnetic system was characterized using ATR-FTIR, SEM, VSM, BET, and analytical methods. The saturation magnetization values of the Fe3O4, Fe3O4@PDA, and Fe3O4@PDA@DAPEG particles were 57.2, 40.8, and 36.4 emu/g, respectively. The same aptamer was also immobilized on the QCM crystal integrated into QCM flow cell and utilized to quantitatively detect L. monocytogenes cells from the samples. It was found that a specific aptamer-magnetic pre-concentration system efficiently captured L. monocytogenes cells in a short time (approximately 10 min). The Fe3O4@PDA@DA-PEG-Apt particles provided selective isolation of L. monocytogenes from the bacteria-spiked media up to 91.8%. The immobilized aptamer content of the magnetic particles was 5834 mu g/g using 500 ng Apt/mL. The QCM aptasensor showed a very high range of analytical performance to the target bacterium from 1.0 x 10(2) and 1.0 x 10(7) CFU/mL. The limit of detection (LOD) and limit of quantitation (LOQ) were 148 and 448 CFU/mL, respectively, from the feeding of the QCM aptasensor flow cell with the eluent of the magnetic pre-concentration system. The reproducibility of the aptasensor was more than 95%. The aptasensor was very specific to L. monocytogenes compared to the other Listeria species (i.e., L. ivanovii, L. innocua, and L. seeligeri) or other tested bacteria such as Staphylococcus aureus, Escherichia coli, and Bacillus subtilis. The QCM aptasensor was regenerated with NaOH solution, and the system was reused many times.