Browsing by Author "Uçak, Samet"

Now showing 1 - 2 of 2

Citation - WoS: 3
Citation - Scopus: 4
16s Bacterial Metagenomic Analysis of Herby Cheese (otlu Peynir) Microbiota
(Istanbul Univ-cerrahpasa, 2021) Sudağıdan, Mert; Yurt, Mediha Nur Zafer; Taşbaşı, Behiye Büşra; Acar, Elif Esma; Ömeroğlu, Esra Ersoy; Uçak, Samet; Aydın, Ali; 01. Atılım University
Cheese microbiota may contain various bacterial species due to the use of different types of milk, rennet, and herbs. In this study, the distribution of the dominant bacteria present in the microbiota of herby cheese samples (n = 13) were examined by the next generation sequencing (NGS) technique. DNA was extracted both directly from cheese samples and after pre-enrichment. The metagenomic analysis of the NGS results revealed that Firmicutes were dominant both in DNA directly extracted from herby cheese (KOP), and pre-enriched samples (OP), at the phylum level. At the genus level, Lactobacillus, Lactococcus, and Streptococcus were dominant in the KOP samples, whereas in the OP samples, Enterococcus, Streptococcus, and Bacillus were determined as the dominant bacterial genera. Although Lactococcus raffinolactis and Streptococcus salivarius were dominant in the KOP samples, Enterococcus faecalis and S. salivarius were dominant in the OP samples. The Shannon species diversity index and principal coordinates analysis (PCoA) were used to determine the distribution in KOP and OP samples at the genus level. The PCoA of KOP-10, KOP-11, KOP-2, and KOP-7, KOP-3, and KOP-6 samples showed the wide distribution, whereas KOP-5, KOP-8, KOP-9, and KOP-14 herby cheese samples were closely related. The OP samples, especially OP-7 and OP-14, showed wide distribution in comparison to other OP samples. Finally, the dominant bacterial communities were identified by DNAbased metagenomic analysis, and this is the first report to elucidate the microbiota of herby cheese produced in Turkey using the NGS technique.
Avrupa Birliği Ülkeleri ve Türkiye’nin 2010-2021 Dönemi Toplam Antibiyotik Tüketiminin Karşılaştırılması: Akılcı İlaç Kullanımı ve Pandeminin Etkileri
(Bilimsel Tip Yayinevi, 2023) Kavruk, Murat; Uçak, Samet; Sapmaz, Burcu; Demir, Canan Çiçek; Dursun, Ali Doğan; Basic Sciences; Nutrition and Dietetics; 07. School of Health Sciences; 08. Medical School; 01. Atılım University
Giriş: Antibiyotik tüketimini düşürmek adına dünya genelinde pek çok uygulama yapılmaktadır fakat bu uygulamaların karşılaştırmalı analizi ve pandemi gibi geniş çaplı değişkenler karşısındaki durumu yeterince analiz edilmemektedir. Bu kapsamda; Türkiye ve Avrupa ülkelerinin ATC grubu J01 toplam antibiyotik tüketim eğilimleri ve ülkeler arasındaki farklılıklar incelenmiş olup son dönemde yaşanan pandeminin antibiyotik tüketim verilerindeki değişime etkisi sorgulanmıştır. Materyal ve Metod: Türkiye ve 19 Avrupa ülkesinin 2010-2021 yılları arasındaki ATC grubu J01 toplam antibiyotik tüketimi (hastane + toplum) verileri birleştirilerek karşılaştırıldı. Çalışma için Avrupa Hastalık Önleme ve Kontrol Merkezi (ECDC) ve Türkiye İlaç ve Tıbbi Cihaz Kurumu (TICKK) verileri kullanılmıştır. Antibiyotik tüketim verileri, günlük 1000 hasta başına tanımlanmış günlük doz (DDD) cinsinden temsil edildi. Bulgular: Türkiye, odaklanılan dönemde en yüksek antibiyotik tüketimine sahip olmasına rağmen 2010-2015 tarihleri arasında 41.43 günlük 1000 hasta başına tanımlanmış günlük doz (DDD) ve 2016-2021 tarihleri arasında 32.24 günlük 1000 hasta başına tanım- lanmış günlük doz (DDD) antibiyotik tüketim verisi ile istatistiksel olarak (p= 0.05) anlamlı bir düşüş gösterdi. COVID-19 pandemisinin etkili olduğu 2021 yılında Avrupa’da, çalışmaya konu olan 2010-2021 yılları arasındaki en düşük düzeyi olan 14.91 günlük 1000 hasta başına tanımlanmış günlük doz (DDD)’a gerilerken Türkiye’de 2020 yılındaki kaydedilen 24.39 günlük 1000 hasta başına tanımlanmış günlük doz (DDD) seviyesine düşen antibiyotik tüketimi, 2021 yılında 26.97 günlük 1000 hasta başına tanımlanmış günlük doz (DDD) seviyesine yükseldi. Sonuç: Akılcı ilaç kullanımı uygulamaları, Türkiye için antibiyotik tüketimini azaltmada etkili olmakla birlikte, 2021 tüketim verileri ile trendin bozulduğu gözlemlenmiştir. Avrupa ülkeleri antibiyotik tüketim miktarlarında farklılık gösterse de toplamda COVID-19 pandemisi ile azalan bir tüketim durumuna girdiği tespit edilmiştir.